顾宪成奔走荐尚书，遭抨击郑澈病辞官。
吏部左侍郎赵用贤、左都御史李世达，户部右侍郎李祯三人相继去后，不少官员仍为赵用贤、李世达等抱不平，并已认定皆为王锡爵主使。行人司高攀龙、御史吴弘济、南京刑部郎中谭一召、主事孙继有、南京吏部主事安希范等纷纷上疏。如高攀龙上疏道：“辅臣王锡爵等迹其自待，若愈于张居正，查其用心，何以异五十步笑百步。”并指责杨应宿对阁臣阿谀献媚。
谭一召也上疏指责王锡爵自入阁以来无月不逐贤。安希范、孙继有等人也上疏再次为赵用贤、赵*南星、李世达、孙鑨、李桢等人求情。指责郑材对待赵用贤前后判若两人，实为无耻小人。后高攀龙、吴弘济、谭一召、孙继有、安希范等也遭部分官员上疏驳斥。
朝廷此时俨然已分为两派，早已偏离退婚一案而转为相互对立。两方彼此争斗不休直至十一月，高攀龙弹劾内阁阴谋打击部院，而皇上却事事唯内阁是听。杨应宿则弹劾高攀龙受顾宪成指使，吏部收受贿赂，专抗阁臣。
后万历皇帝下诏：“近来小臣不修本等职业，更关是非。该部院会同该科从实问他何以见得吏部有许多脏私。及高攀龙为顾宪成所使，亦问攀龙何以见得朕一事不管，亲批亲点俱出辅臣之意，明白参看来说，不许徇私党护。”
每当朝中上疏攻击阁臣之时，万历帝总欲严惩，王锡爵每每公开上疏请求万历皇帝从轻处事，以免朝臣总疑心其为指使。后高攀龙再度上疏：“窃近见朝堂之上，善类摈斥一空，辅臣何忍坐视至尊之过举，得毋内泄其私愤，而利于斥逐之尽乎”群臣再各自上疏争论，万历震怒，以朋党罪将两方核心人员任郎中、主事、言官者全部贬官外调，逐出京城。
王锡爵请见万历说道：“皇上，老臣反被侵权结党之名，纷纷得遣逐而去，其势将愈激而愈不平，人持一是非，家立一门户，恐皇上不胜其怒，而臣等不胜其争。皇上处之愈重，是愈驱使自附于攀龙、世达等，欲以明邪正而邪正愈乱。故不如依臣疏中平平发下为当，朝臣品性政事及建言有心无心，自当从容听公论余外。”
万历帝见王锡爵如此便施以宽慰道：“近来朝臣每每妒害，朕欲从重究处，卿反为救解，因此小臣益无忌惮，将朕亲批旨意诬为卿拟，再诬朕暴虐昏聩，妄肆诋诽，好生无状。卿不必在意。黄淮水患如何平复？”
王锡爵奏道：“河南救灾不力，大水过后必将饥民遍地，臣以为黄淮一带大难将至，朝廷及各省有司必需集中全力，臣愿担任督导之责，统筹一应所需，监察灾情。张一元已就任河南巡抚，其虽有才干但毕竟少经历练，臣举荐仪制郎中钟化民兼任河南道御史，主持救灾。”
万历帝问道：“钟化民有何才能能担此重任？”王锡爵答道：“钟化民幼即好学，多智计，天文地理，经济韬略无不通谙。久经地方历练，凡所到任之处，政绩颇高，百姓爱戴，朝臣感佩，居官勤厉，遍历八府，所至有声。必能担此重任。此外为多方筹措钱粮，臣请奏先暂时停止江南织造及江西陶器用度，减云南贡金，省出开支配合内库钱粮赈济河南。此次黄淮一带受灾之重百年未见，恰逢国库维艰，百姓朝不保夕，时刻仰望圣德普佑，臣请蠲免河南灾区原应缴纳赋税以安民心，臣愿率百官捐献官俸，也请皇上及太后能令宫中也有所表示，如此则天下无不深受感召，南直隶、浙江一带臣想也差人向当地商贾要求捐献。”万历帝准奏。
万历帝再问：“朝鲜的谢恩使是否返归？对册封退兵一事有何看法？”王锡爵答道：“此事朝鲜并不愿停战，也已对其告知，对其行为也有所申斥，臣观察朝鲜有暗自不满，且大明与倭国定纳降之时并未让朝鲜参与其中，也未全歼倭寇，臣猜测朝鲜应会如此。”
万历帝不悦：“朝鲜有何资格不满？所有的军队都不堪一战，朝鲜王也险被生擒。是朕的将士一直在奋战，是朕的将士替他收复国土。所谓请降也不是向朝鲜而是向大明，如今国土即将都要归还给他，倭寇也令其撤走，非但不该不满还应感激涕零，跪拜在朕面前才是。朕不需其千里来朝，也不要他一寸国土，如此厚恩朝鲜不知？令朕怀疑朝鲜是否有不臣之心。”
王锡爵道：“皇上天恩浩荡，朝鲜必能体会。据报倭军已陆续从釜山撤兵返回倭国，为防不测臣已令宋应昌留兵防守。”万历帝则令拟旨：“既然倭寇已撤，我们继续在那里也没有意义，传旨全军回撤，令宋应昌、李如松回京述职。”王锡爵领旨。
吏部尚书孙鑨引退，吏部左侍郎赵永贤归乡，吏部文选司郎中孟化鲤近期也因举荐被特贬为民的科臣张栋而被万历皇帝免职。吏部元气大伤，选贤补职一事也为朝廷关注。而王锡爵准备让礼部尚书罗万化转任吏部尚书并对此上疏举荐，此举却又再度引起吏部众多官员不满。
吏部文选司郎中顾宪成为此特意找来两名吏部都给事中朱爵、许弘纲问道：“二位都是正直敢言，忠君为国之臣。现今吏部堂官空缺，正是选贤任能之时。但内阁欲推举礼部尚书转任吏部尚书，不知二位有何看法？”
朱爵对罗万化赞道：“大宗伯素来受人敬仰，博学多才，若是转任吏部，似乎也并无不妥。”许弘纲问道：“不过大宗伯平日里与首辅交往甚密，顾部郎是否在为此担忧？顾部郎认为大宗伯会因首辅而处事不公？”
顾宪成道：“我原以为王锡爵也是尽公无私之人，自任官至入阁，关于国事的种种条陈建议也令人称道。只是国本之上仍未敢向皇上据理力争，献媚天子得以擅权，自京察以来变本加厉，忠臣贤士屡屡被其设计驱逐，可谓有才无德，欲做权相。大宗伯被其所蒙蔽与其交好，自罗万化任礼部以来，礼部事务便已被内阁左右，如今王锡爵上疏请他转任吏部，依我之见是想借其之手掌控吏部人事选调大权，从而能断绝言路。”
朱爵对此不敢妄言：“首辅竟有如此心思，实在令人难以置信，顾部郎是否多虑？阁部相争已久，下官难以认定首辅能借大宗伯便能断绝言路。”许弘纲再问：“我也正有此问，不知顾部郎希望我二人如何？”
顾宪成道：“此事的确只是猜测，我也敬重大宗伯，但若有此风险又怎能不加规避，且大宗伯为人过于耿直，吏部事务最易得罪同僚，甚至得罪皇上。其必受非议，历来阁臣多出礼部，大宗伯有相才，正合由礼部入阁。我想请二位上疏详述不必由大宗伯任职吏部，而请吏部右侍郎陈有年任吏部尚书一职。陈有年各位都极为熟悉，深谙吏部事务，同样为世人敬仰，升任尚书也是情理之中。”二人应允。
顾宪成在与朱爵、许弘纲商谈之后便去拜访陈有年，陈有年问有何事？顾宪成答道：“近日朝中正在推举新任吏部尚书人选，下官以为少司徒深受吏部及百官信赖，出任吏部尚书最为合适，不日即将上疏，今特来告知。”
陈友年却并无此意，相谢婉拒道：“叔时过誉，内阁已拟由罗万化任吏部尚书，罗万化我也深为敬佩，任吏部尚书我并无异议。”顾宪成再劝：“大宗伯确实令人敬仰，可此事背后却有内阁操纵之嫌。自京察以来，众多同僚皆被无端弹劾罢官、外调逐出京师，全为内阁手笔，少司徒于京察之中也为主持之一，是故内阁不从吏部选任而举荐他人，下官深恐内阁有欲操纵吏部阻断言路，培植亲信，专擅相权之嫌。不过只是猜测，也不愿污蔑阁臣，未免万一下官以为还是少司徒出任吏部尚书当为两全。”
陈有年说道：“叔时此言未免过激，不过阁臣近期所为确实多有不当，孙、赵二公及众多同僚蒙难我心中也十分悲痛。为国谋事但凭公心，不过此事还是由皇上圣断，是否出任吏部尚书我无欲强求，惟静候旨意。”
顾宪成见陈有年虽不明言却也有默认之意，心中窃喜：“少司徒如此说下官明白，少司徒本就足以胜任，再经朝廷公议，皇上也自能明断，若能出任也是朝臣所盼。”陈有年再三婉谢。
后在顾宪成奔走联络之下，朝臣公议举荐陈有年任吏部尚书。王锡爵进宫求见万历帝，万历帝也知王锡爵来意，开口点明道：“阁老此来是为选任吏部尚书一事吧，朕思考再三，陈有年熟谙吏部，又有朝廷公议，朕以为还是升陈有年为尚书。阁老以为如何？”
王锡爵问道：“陈有年的确足以担任，不过罗万化久经磨砺，身负奇才，皇上也是因此任其为礼部尚书，任职吏部也并无不妥，其才干也优于陈有年，老臣以为若罗万化出任吏部尚书必可使吏部焕然一新。”
万历帝答道：“罗万化留任礼部仍有大用，且其倶备相才，朕也希望他日罗万化入阁可与阁老共同辅助朕治理天下。朕知方今内阁与吏部多有矛盾，阁老身处风口浪尖，有不少人疑心你王锡爵与罗万化有密谋。如此揣测污蔑，朕几次几乎动怒，但也不忍令你二人再受非议，待朕整肃风气之后可将罗万化再任新职。阁老宽心。”王锡爵也就不再多言，告退而出。
在朝鲜庆尚道监营，已就任星州牧使的义军首领郭再佑一直想趁日军陆续撤退时予以追击，但庆尚道巡察使金睟认为必须需与明军共同出击才行。郭再佑怒道：“明军、明军、明军，究竟还要念到什么时候？当我们在晋州被倭寇屠杀时，明军也在隔岸观火，难道还对他们抱有期望么？”
金睟反问道：“难道你忘了权栗都元帅在没有明军协助下独自对敌，只能弃城败退么？”郭再佑答道：“我们并不是要像都元帅一样与敌全力交战，是用游击战术不断袭扰釜山周边的倭寇而已。”
金睟拍案说道：“为何任何事就总与你无法说通呢？朝鲜军的指挥权至今仍在明军管辖之内，我们并没有独自出兵的权限，几次违制独自出击，小胜不过二三，微不足道。倭军也在陆续撤出，游击战术现在又有何意义？”
郭再佑也再难抑制对金睟的厌烦之情：“我才是郁闷之极，要攻打败退之敌怎么就如此困难？巡察使应该也听到传闻，明军是因为正与倭寇议和所以才停止一切行动。要是我们也无动于衷，受苦的百姓该如何想？”
金睟起身警告道：“不要再生是非！这是上官军令，郭牧使请你牢记你已不是义军首领，而是身负官职之人，只需听令行事！”
郭再佑笑道：“真是寒心，我才不在意官职，巡察使若不同去也休要阻拦我的去路，拦我者必视为倭寇。”说罢扬长而去。后郭再佑辞去官职，以天降红衣将军之姿统领义军四处奇袭骚扰日军驻地，斩获不少。屡被加封官职但为方便与倭寇作战又屡屡弃官。
谢恩使郑澈自明朝返回朝鲜觐见朝鲜王李昖，李昖询问情况，郑澈答道：“臣虽想求见皇上陛下告知朝鲜现状，却未能如愿反而险些显朝鲜有不臣之心。明朝已准备接受倭国的议和。因为臣的无能使明朝更加对朝鲜产生误会，此等罪责臣难辞其咎，请赐臣一死。”正说间只见郑澈咳声不止，面如土色，身体虚弱。李昖见郑澈已染病在身便好言相慰。
郑澈谢道：“老臣平庸无能，又身染重病，此等残躯还有何存于世上之必要，臣正欲告老还乡，还望殿下允诺。”李昖急忙劝慰：“这是哪里话，忠臣贤相岂能轻易离寡人而去，政务众多，还请快些养好身体再辅佐寡人。”
郑澈正感激不尽忽听门外司宰监正柳祖訒请旨要求严惩郑澈，监正柳祖訒手捧众多奏疏道：“殿下，这是百官弹劾郑澈的奏折，百官一致认为郑澈不达使命，有辱王命，损害国誉，不可再立于朝堂，请奏将郑澈罢官夺职。”李昖对此十分惊讶：“这是何意，郑澈千里远行，又因此染疾，此事为皇上陛下旨意如此，郑澈何罪之有？”
司宰监正柳祖訒说道：“殿下，臣只是转达群臣所奏，此乃公议，因郑澈无能才使朝鲜颜面无存，郑澈之苦天下有感，郑澈之罪天下难饶，还请殿下决断。”
郑澈则心中早有退意，再次向李昖请辞：“殿下，百官所言也正是臣心中所想，请将臣严惩治罪。臣将静候殿下旨意。”随后郑澈便自行告退，李昖满面愁容，久视司宰监正而不语。
郑澈离去后便与伊斗寿先做告别，伊斗寿问道：“何必如此急于离去，主上殿下一直不愿将你治罪。”郑澈叹道：“这反倒更加令我感到惭愧，过往岁月犹如梦境，古今往来不过梦晕，今后主上殿下和社稷就拜托您了。”
伊斗寿力劝：“暂时不要再作他想，寻一僻静之处修养身心，还有这些年若因我性情耿直而有曾伤害到你，还请谅解。若心中有怨不如就在此痛骂我一顿，但请务必调养身体之后再回朝堂。”
郑澈紧牵伊斗寿双手，笑言相谢。伊斗寿再劝：“说到底不过是一些目光短浅之人对你横加弹劾，你忠诚忧国之心我却深知，即便在面临免职之时也是担忧国事和主上殿下，松江此去如国失一臂，而我今后又能找谁倾诉苦衷？”伊斗寿再三挽留，只是郑澈去意已决，郑澈告辞而去，只留伊斗寿驻足呼喊，暗自神伤。
郑澈虽是朝鲜当时的文学大家，但因其为西人党领袖，于朝堂争斗一面影响更大。在无谓的党争之中有着恶毒好色的评价，这与诗文大家、忠臣贤相的善评同时并存。郑澈离去后居于江华岛松亭村，不久后便病逝。
十二月，万历帝命蓟辽总督顾养谦兼责打理朝鲜后续事宜，驻朝鲜大军全部撤回。旨意传至朝鲜汉阳，宋应昌大惊：“倭军虽已开始撤出朝鲜，但下三道倭军仍有不少，不待其全部撤出岂能我军先退，如若突然反扑如何能挡？”
传者答：“经略安心，圣意，倭情狡诈，未可飓称事完，自有准备。”宋应昌问道：“何种准备？即便撤军也当留有数千精兵把守要道，屯田开矿才是。”传者答：“圣意如此，请宋经略尽快回京。”宋应昌无语。
后宋应昌及李如松拜别朝鲜王李昖，李昖谢道：“万分感谢皇上陛下，万分感谢经略千里相援，朝鲜终于即将光复，列祖列宗在天之灵必能欣慰，寡人及王室后代永世难忘大明恩德。只是倭寇还未完全退却，能否再留数月，确认无患之后再班师回朝？”
宋应昌答道：“圣意令我等即可返京，殿下宽心，若倭寇复返，明军定当再援，且即便倭寇尽去也难说无患，殿下，国患素来在内而不在外，恕外臣直言，此次倭寇能如此轻易攻入八道，占据三都，迫使朝鲜向大明求救不正是因朝鲜内倦革新，以致国力不振。此次我对朝鲜军民之奋战多有所闻，十分敬佩，殿下身边也有贤臣良将，若能克服，倭寇难登朝鲜一步。”
李昖回道：“经略所言极是，寡人必将铭记于心，寡人最喜终可告慰祖庙，不必再为此自责，不，还是应自责才是，应当时刻勉力，勤劳国事，杜绝此等战乱再现。”宋应昌欲走，李昖再三请暂留赴宴，宋应昌婉拒，剩余明军当日便离开汉阳往辽东而去。