南路战线。
当初，张角座下八大弟子中“乾”字号第一大弟子、“神上使”、荆州、扬州大方马元义在洛阳内外同时起事的计划泄露，被朝廷逮捕处死。他留守荆州的弟子张曼成闻讯，承继了“神上使”的衣钵，立即率领部众在荆州北部的南阳郡起兵，攻打城池。
南阳太守褚贡本是托了中常侍张让的门子出任此职，只懂搜刮地方，毫无才干，怎敌滚滚汹涌之黄巾，不到一月，郡治所宛城城破，褚贡也被张曼成军杀死。
朝廷大惊，迅速任命秦颉为新任太守。秦颉，字初起，荆州南郡宜城人，为江夏郡都尉，有统兵、缉盗的实际经验，故而被提。
秦颉得到任命，立即率领江夏郡兵开赴张曼成占据的宛城。
两军在城外展开野战。然而张曼成甚猛，一连百余日，秦颉一直被击败，士气陷入低落，只得坚守营寨不出。眼看进入六月，一连挫败，战事拖延无进展，秦颉又是恼恨又是焦躁。
见此，秦颉手下统兵从事黄祖上前谏道：“太守不必过于烦躁，我军虽一直不能取胜，却也拖住了贼寇，使其不能有更多进展。不久朝廷必派精锐援军而来，到时候合兵一处，贼必大破！”
“法先。”秦颉称呼着黄祖的字，“可贼寇得知朝廷大军压到，先加紧灭了我等如何是好？”
“我有一计，可制敌。”
“快讲，快讲！”
“我在江夏郡的部曲前日刚到，其中有很多善射之士。明日可与贼交战，佯装败退，引到埋伏之处，以强弓劲弩射之贼首，则大功可立！”
“法先，部曲为何近日方到呀？”秦颉有些埋怨，言下之意，黄祖说的善射部曲早到、早用此计多好。
“太守不知，乡中四、五月正是种植劳作忙时，因此来迟，请太守勿怪。”
“嗯……好，就依计而行。”
黄祖出身江夏地方豪族黄氏，占有大量人众部曲，平日劳作，战时出征。因而被秦颉召为统兵从事，倚重非常。
次日，秦颉率军亲来城下挑战，大骂太平教为邪教，并辱骂张角及马元义。
张曼成闻听大怒，火往上撞，即刻要率众出战。
渠帅赵弘、韩忠、孙夏忙劝：“秦颉自与我们交战以来，一直战败，怎么连败之下今日突然主动前来挑战？而且刻意辱骂教主和故‘神上使’，以往交手从未如此——恐怕其中有诈。”
“不管是谁，辱骂教主和故‘神上使’，我便和他势不两立！”
三人又劝：不如先派人侦查清楚情况再说。张曼成道：“天气转热，我本想近日攻他营寨，一鼓作气彻底灭掉，省得拖拉热燥。现在他自己送上门来岂不省事！不必如此谨慎，我去去便回，必以其人头祭祀‘神上使’！”
张曼成点起一万人马，率军出城直奔秦颉军来。秦颉接战，大骂不止，张曼成愈加愤怒，两军战不多时，秦颉败退，往城外西南方而逃，张曼成紧追不舍。
秦颉一直逃入穰城地界——黄祖早已将500精练射手埋伏在城外山林丛杂之处，专等张曼成而来。
张曼成眼看秦颉就要逃进城中，更加快马加鞭追赶，大叫：“懦夫，休走！留下狗头！”黄祖见张曼成已进入伏击圈，抬手示意放箭，立时箭如雨下，只望张曼成射来，张曼成猝不及防，连人带马被箭射穿，当场而亡。黄祖又令部曲将箭接着一支不剩、全部射完，其他冲杀在前的黄巾将士也同时被射杀。后面的队伍见主帅被杀，立时大乱，秦颉见状趁机返回头追杀，黄巾军大败，死伤惨重，余众一路奔回宛城。
赵弘见队伍溃逃而回，连忙出城接应，紧闭城门不出。
秦颉紧追到城下，城楼上韩忠看得真切，挽足弓，一箭射来，正中秦颉右臂，秦颉几乎落马。秦颉抬头，见“韩”字旗下黄巾军卒大声喝彩，暗自记下，深恨之，负伤带军回营。
此时宛城中尚有十多万之众，众人共推赵弘为继任统帅。赵弘出身烧炭工，使一条浑铁槊，上马驱驰如飞。
且说朝廷责成朱儁讨伐南路的黄巾。朱儁率军抵达荆州，荆州刺史徐璆接着，一同前往宛城南阳太守秦颉处。
得知朝廷钦命大军到来，秦颉忙在军寨中摆下宴席接风。
身为朝廷钦派，朱儁趾高气扬，在地方官员前洋洋得意引进部下佐军司马孙坚、护军司马傅燮等人，又讲起战绩。秦颉自知资格地位远不及朱儁，但也趁此介绍部下黄祖，为的是点明己部的功劳，免得被过于轻看。
“贼首张曼成正是为此人所杀。”秦颉介绍道。
又怎样，大量贼众尚未灭，还不是等着我来才行。朱儁点点头，心里却颇不以为然。
身旁的孙坚听到这，不禁目光投向对面的黄祖，只见此人身材魁硕，相当壮实，浓厚的络腮胡须，大大的酒糟鼻，一双细眼，浑浊却又不时闪着烁光——给人一种粗犷、贪婪而又精明狡黠的印象。
“敢问黄从事如何杀得贼首？”孙坚问。
“黄某以……”黄祖详细讲述了过程。
“原来是以此手段，暗箭伤人，算不得英雄。”孙坚不禁脱口而出——他一向深深鄙视这种行为。他原以为是在战阵、面对面的交手中所为。
黄祖脸被憋得通红，“你……你……”
秦颉的脸也挂不住了。
朱儁暗自冷笑。
徐璆见状，连忙打圆场，“都有功劳，都是为的汉家天下……眼下群贼占据城头，城中贼众尚多，贼众我寡，合兵才为上策。”
形势严峻，官军兵少，不得不合。合兵，共一万八千人，开始围攻宛城。
赵弘吸取张曼成的教训，坚决不出，只是固守城池。
南阳是东汉开国皇帝光武帝刘秀的发祥之地，对治所宛城特加维护，因此城池极为高大、坚固。加上黄巾军人数众多，又坚决固守，从六月至八月经过无数次激烈的交锋，官军始终无法攻克。战势开始呈现胶着。
灵帝正被皇甫嵩取得的一些列胜利所鼓舞、兴奋，闻听南线战事情况，纳闷道：“同是将帅，为何表现却如此不一？——是否需要将朱儁替换呢？”于是下令朝臣讨论。
原来只知装聋作哑、毫无作为的司空张济被撤掉。新任司空张温谏道：“昔秦用白起，燕任乐毅，皆旷年历载，乃能克敌。今朱儁前讨颍川，已有功效，说明其人堪用。现引师南指，其方略必早已设好。且自古临军易将，兵家所忌也。臣以为，宜假以日月，必能责其功成。”
张温正是穰城人，妻子是荆州最大豪族蔡氏蔡讽的长姐、蔡瑁的伯母。荆州的豪族蔡氏、黄氏、庞氏等互相通婚。他这么做不过是为的秦颉军中从荆州来的从征豪族能有充分时间能建功立业。同时他清楚地知道单凭秦颉军是不可能战胜黄巾军的，只能和朱儁一起才行。
“好吧，就再给他一些时日。”张温的劝谏，引用典故例子，冠冕堂皇，振振有词。灵帝接受了他的意见，暂不替换朱儁。
张温立即派人将消息火速带给朱儁，朱儁感到了巨大的压力和急迫性，于是准备急攻赵弘。
朱儁召来孙坚商议。
“文台，我观贼帅赵弘为贼之核心肝胆。若先杀之，则贼必胆寒，而后容易灭也。”
“孙坚愿为先登！”孙坚抱拳主动请命道。
“好！勇壮！”朱儁说着，望着孙坚。
孙坚自然清楚主将这是问他具体的准备打算，从容答道：“黄巾不习夜战。今夜我便率部登城，必斩赵弘！”
说罢，孙坚行礼退出帐外，来到营地，召呼程普、祖茂，准备三更时分登城。
程普有些疑虑，“主公，您怎知此行一定会遇到赵弘呢？”
“此事易解：张曼成死后，黄巾群龙无首，而偏由赵弘接任，除此人确有勇武外，定是得众心之人，故此能被拥戴。能得众心之将帅必平日珍护属下士卒。我们先登上城，斩杀贼众，赵弘闻报，必然前来解救、厮杀。”
程普顿觉有理，“不愧是主公，程普拜服。”
是夜三更，云掩月。
孙坚率领所部，不乘马，徒步急行，来到城下一处。加好云梯，孙坚如猛虎般一跃飞登而上，程普、祖茂紧随其后。
守城值夜的黄巾军卒发现有人登城，立刻骚动起来，一边呼叫增援，一边迎战，两下短兵相接。
数十个黄巾军卒眼看孙坚就要登上城楼，一起举长叉向云梯猛叉，孙坚见梯子将倾倒，一手扶住梯头，一手横过古锭刀，只往前一挡，立刻长叉纷纷截断横飞，挡在前面的几个黄巾兵也被削倒，后面的见了，立刻全涌上来一起用力推云梯。孙坚见情况危急，大喝一声，向上挺身一跃七尺，从云梯上跳入城头，直从黄巾军卒头顶而过。惊得他们目瞪口呆，未等反应过来，孙坚着地转过身来，用古锭刀劈刺砍削，瞬时力斩二十余人，其余的都四下奔逃。
祖茂见云梯将倒，回头对跟在身下的军卒们大喊道：“跟着我做！”接着转回身对自己上面的程普说道：“德谋趴着、抓好。”一跃而起，双脚落在程普的双肩上，身体贴紧梯子往前趴着，后面的军卒们立刻反应过来，学着他们的样子，飞快地一个挨着一个跳上，堆在梯子上端。众人用重量压住云梯，梯子终于从后倾变为前倾，牢牢地扒在了城头上。
此时，明月从云丛中探出来，将四下映照得雪亮。孙坚看得真切，只见月光之下，一将竟然在城头骑着马，挺着一杆长长的铁马槊，飞马直奔自己而来——不用说，正是赵弘。
城头能跑马，可见宛城城池的宏大。
孙坚嘴角掠过一丝兴奋的笑，“来得正好！”将长长的古锭刀向下狠狠一掷，插在一旁的尸堆上，赤手空拳，放开脚步，迎着赵弘奔跑过来。
赵弘见状大吃一惊，他没有想到孙坚竟然敢于徒步和身为飞骑的自己，做正面直接对抗，他更没有想到是竟然还是徒手。
赵弘略一迟疑之际，前冲的马与迎面正对自己飞奔而来的孙坚就要撞上，伸向前的铁槊那明晃晃的槊尖更是眼看就要刺入孙坚的咽喉。突然，只见孙坚闪身略微偏向一旁，迅速伸出双臂，向前紧紧攥住平伸的槊杆，借着向前的马槊力道和马的速度，将长长的槊杆向下用力猛地朝自己身后的地上一戳，身体向上一挺，双脚离地，双腿朝前向赵弘踢来。马速太快，马槊又突然被杵在地上，那马嘶叫一声，一个踉跄，头颈垂下，前蹄趴地，将赵弘向前翻起，跟着孙坚双脚来到，正好踢在赵弘头颈上，力道、速度过猛，赵弘竟然被踢下马。
孙坚正好借力落下，直接跨在马上，一手抄起地上的长槊，朝赵弘猛刺，赵弘躲闪不及，被刺透而死。孙坚跨坐过来，就骑着赵弘的马，挥槊接着向前突杀黄巾兵。
四周目睹这一幕的黄巾军都大骇。孙坚左冲右突，无人敢近。
孙坚从城东北角攻入。朱儁接到孙坚得手、赵弘被杀、黄巾军惊惶的报告，立即从大营出军，鸣鼓攻打城西南角。
黄巾军首尾不能相顾，乱作一团。孙坚登城先入，众人如蚁附般推进，一直杀到天明，黄巾军难以抵挡，被迫放弃主城，退保内城（大型城池有大的主城和小的内城两座城楼）。
经此一战，黄巾军严重受挫，主帅被杀，死伤惨重，主城丢失，士气低迷，惶恐畏战。
赵弘被杀，黄巾余众又推举韩忠接替为主帅。
“如今的形势、状态难以再战。”韩忠与众人商议，思之再三，为保留力量，决定暂时投降，以待时机。
派出使者，说明请降。
荆州刺史徐璆认为可以接受，“兵者，凶器也，不得已而用之。今贼寇识时务，主动请降，正好快速平息灾乱。”
听了徐璆的这番话，朱儁心里骂道：“腐儒。”朝廷如此质疑自己的能力，现在黄巾战败，自己正盛，正是扩大战果、克成全功之时，岂有半途而废的道理。朱儁坚决反对，当然，表面上还是需要一些堂皇的理由做借口的。
想了想，朱儁反驳道：“刺史此言差矣。兵有形同而势异者。昔秦、项之际，民无定主，故赏附以劝来耳。”
接着，他顿了顿，铿铿说道：“今海内一统，唯黄巾造逆，若容其降，无以劝善。今若受之，更开逆意，使贼利则进战，钝则乞降，纵敌长寇，非良计也。”
徐璆闻言，一时语塞，不能对答。
朱儁一面立即派人向朝廷报功，一面下令继续急功。
朱儁用大军将内城团团包围住，只管猛烈攻打，然而出乎他意料的是，接着连续数战竟不能攻克。
这让他大感意外，迷惑不解。朱儁下令暂且停止攻打，同时在内城旁边筑起一座土山，和内城一般高。
每日登上土山，观望城中动向。
看着小小的内城，朱儁实在想不明白，已被自己击败、趴在地上主动乞降的余贼怎么现在却反而比当初还难对付。
朱儁心中焦虑，斜眼望去，站在身后旁边陪同的护军司马傅燮看起来却很平静，似是胸有成竹。
看着这位属下这样，朱儁非常不快，“傅司马，你怎么看？”
傅燮回朱儁道：“将军不接受贼众的请降，现在外围又被我军围得像铁桶一般，想要出来却不得。贼众被断了念想，又没退路，故而只能以死相战也。万人一心，犹不可挡，何况城中还有数万之众。”
朱儁这才恍然大悟，然而他却并不感谢，反而冷嘲热讽道：“傅司马有闲心在军中忙着上书朝廷评议政事，似此等关乎战机成败之见，何不早说？！”
接着继续压迫道，“世人多只明白道理，可知道接着如何做的实务么？”
“兵法云：‘围师必阙’。不如撤去一面包围，贼见围解，势必自出，出则意散，易破之道也。”
朱儁无声地哼了一声。转身径自下土山返回大营。
朱儁下令解开城东面的围军。
黄巾人多粮少，又被官军死死围住，渐渐不支。韩忠决定与其坐等困死，不如突围出城寻粮，韩忠率2万人杀出城，留下孙夏1万余人守城。
韩忠果然率众而出，正中官军下怀。朱儁令孙坚打前锋，自己押大军在后，黄巾人人皆知孙坚杀死前主帅赵弘的情形，都很畏惧，孙坚于是攻破韩忠军，朱儁趁势压上掩杀。
韩忠支撑不住，向北而逃。朱儁哪里肯放，紧追不舍，追击数十里，斩杀万多人，韩忠无奈，再次要求请降，亲往朱儁大营而来。
秦颉对韩忠积怨已久，远远看见他打着白旗前来，分外眼红，弯弓搭箭，看准，一箭将韩忠射死，报了一箭之私仇。
朱儁见事已如此，将剩余的黄巾军包围，除少数逃掉外，其余全部杀死。
逃回来的黄巾兵将消息带到内城，官军的举动令城内不安，众人决计死战到底，又推孙夏为主帅。
然而此时已是大势已去。
十一月，朱儁终于攻破内城，孙夏只得率黄巾残部败走，奔到西鄂县，官军追至境内的精山，大破之，将孙夏及万多人斩杀殆尽。
南路战线战事平息。
朱儁终于“大功告成”。他难以抑制地志得意满，认定自己立下了不世之功。命军卒将战斗中斩杀的黄巾军首级一层一层地码放好，筑成京观，以兹耀武、纪念、摆明功绩。他本人亲自仔细检视，见有的首级由于斩杀时间较早，已经腐烂，便呵斥军卒道：
“换些新鲜的来！放在外围显眼的位置，让朝廷派来记功的人看得真切！”
“笨手笨脚的……这都不懂？！就像摆放水果一样啊，新鲜、卖相好的自然放在最外面、显眼的地方。”
至此，分散在东方、北方、南方三地的黄巾主力全部被肃清，黄巾对汉帝国的威胁解除。