日军二度攻晋州，围攻九日陷庆南
时至六月朝鲜各道因破坏过度，民不聊生，战事频繁，瘟疫流行，因此日军军师黑田官兵卫奉丰臣秀吉之命再往朝鲜，日本名将伊达政宗也率所部三千随同赴朝支援。宇喜多秀家及石田三成听闻黑田官兵卫再度入朝，伊达政宗也赶来支援倒也略感心安。于是宇喜多秀家、石田三成、增田长盛三人便先至官兵卫逗留的东莱城拜访，准备商讨今后对策。
此时黑田官兵卫正与浅野长政下棋闲聊，听到下人禀告宇喜多秀家等人前来拜访，便请三人先在别室等待。浅野长政问道：“奉行众前来为何不立刻相见？”官兵卫答不愿，浅野细问之下官兵卫坦言：“石田三成处事不公，睚眦必报，贬低诸将、歪曲战况、诋毁大名、夸大亲近之人战功，又对天下大名摊派高昂军费，增田长盛也趋炎附势，宇喜多秀家平庸无能，见之何用？不如再被参奏，让我早早回去。”
浅野长政力劝：“太阁殿下再令你来是为克服困境，怎好负气一走了之？”官兵卫身心懒散，长叹一声答道：“不是说正在议和么，在此期间驻守防备即可。之前各将之间多有不和，大谷吉继也出面协调议定诸将立誓同心协力，大小事务共同决定，应当会对缓和矛盾起到作用，再向西集中一半以上兵力攻克晋州。这也是太阁殿下所愿。”
浅野长政对攻取晋州需调动一半兵力颇为不解，便问道：“区区一座晋州城至于如此兴师动众？”官兵卫答：“晋州事关战局又有前次战败之耻，我军现在兵力充足，强攻即可，不仅为速克晋州，更为方便立刻占领全罗道而考虑。在大军面前所面对的不过朝鲜的些许抵抗，明军也不敢轻举妄动，此时出兵必能获胜。而且独眼龙政宗也来到朝鲜，这个从小就被称为焚天丸的家伙，初到朝鲜肯定会全力以赴，有政宗助阵，攻占全罗更是轻而易举。至于平息民愤，救治瘟疫，这些还需我一一教导不成？有你们在便已足够，石田三成也会为此事亲历亲为。所以我此刻只想回去，静待诸位凯旋。”
浅野长政担忧黑田官兵卫如此回去定会被丰臣秀吉问罪，官兵卫笑道：“太阁殿下与我相知已久，我回去后会剃发出家，乞求宽恕，保住家门传承，不必为我担忧。”浅野长政不再多言，与官兵卫继续下棋。而石田三成等人已在别室等待许久却迟迟不见黑田官兵卫出来相见，只听围棋落子之声。三人一怒之下离开东莱，并也因此与官兵卫结怨。石田三成随即便向丰臣秀吉参奏官兵卫。
日军大本营这边以加藤清正、福岛正则为首的武士都要求开战，宇喜多秀家示意肃静道：“再次攻打晋州是一开始就定好的军略，诸君稍安勿躁，我们只需要确定在占领全罗道的过程中明军是否会协助朝鲜？”
小西行长答：“现在正在派遣使者，我认为现在我们无论在全罗道有任何动作，明军都不会作出反应。以防万一只稍作防备即可。我们所面对的只不过是朝鲜军而已。”加藤清正笑道：“小西，我看你就不要再参加攻城战了，上次攻打幸州你也是苦战不胜，连朝鲜军也赢不了就不要在此丢人现眼。”
宇喜多秀家听后即为不悦：“加藤，你最好不要再多嘴，幸州一战可不仅小西参与，你若不想被在座诸君就地斩杀就闭口不言。”加藤清正见状只得先行闭口，小早川隆景当即提议：“为了能确保拿下全罗道，我建议出阵十万，足以应对一切战况。”
黑田长政惊异：“只为攻克晋州，夺占一道，且只有朝鲜军，动员十万是否小题大做？”在座诸将皆有此疑问，小早川隆景见此便耐心答道：“自上次晋州、幸州战后可见朝鲜军民战意高涨，皆不畏死，令我敬佩。且全罗道内多有险峻，朝鲜官军以及义军多半集于此地，明军也需时刻防备不可掉以轻心，现在已经不是我们刚刚登陆朝鲜的情况，不可再轻视朝鲜战力，需集中大军一举歼灭！”
黑田长政听后即表赞成：“如此说来，小早川大人所言极是，父亲大人也有如此提过，且听闻加藤军中正在研制破城军械龟甲战车，也不知是否能赶上。”加藤清正称是，龟甲车还需时日。
岛津义弘请战出阵，加藤清正、福岛正则同请，伊达政宗也不甘落后，随即请战：“我初到朝鲜便能赶上此战也是荣幸，太阁殿下也是多次叮嘱，要我多作表率，此战我愿当先锋。”宇喜多秀家说道：“此战人人都是先锋，从第一队至第九队各自抽调整编，诸位先各自准备，等待军令。”
而自传报日军有进攻晋州的打算后，各地军民陆续向晋州驰援，除晋州府使徐元礼外，有倡义使金千隘率义军三百、庆尚道右兵使崔庆会率兵五百、忠清道兵使黄进率兵七百、副使张润率兵三百、义军高敬命之子高从厚率兵四百，再加上权栗、李薲、金海府使李宗仁等援兵，兵力已达八千以上。
六月十五日军从釜山出阵九万三千向晋州进发，十六日攻破咸安，十八日攻破宜宁，新任都元帅权栗及李薲完全不能力敌各领所部弃城退至南原一带。沿途百姓也一路西逃，纷纷退入晋州避难。六月二十一日，日军开始包围晋州。
与此同时柳成龙再次恳求明朝经略宋应昌发兵救援，宋应昌婉拒道：“我已接到皇上旨意，有关处置倭寇请降的旨意出来之前，全军就地驻守不得调动。身为臣子不能抗旨，援助晋州恕我有心无力。”
柳成龙十分疑惑：“倭寇请降一事从何而来？我们为何不知？”宋应昌见朝鲜不知，方晓得沈惟敬并未与朝鲜通气，心有疑虑又不便对此细究，便答道：“朝鲜竟然不知此事？此事在收复汉阳之前，自收到倭寇请降信后便立刻上报朝廷裁决，现在已收到旨意，暂行驻守不得发起战事。”
柳成龙气上心头：“那如此说，明军早知此事却完全不与朝鲜商量，收复汉阳乃是一场与倭寇的交易，并且阻止朝鲜追击，现在也对朝鲜的战事不管不顾！大人你看，现在的倭寇哪里有请降的样子！请你务必给我一个解释！不然朝鲜绝不会善罢甘休！”
宋应昌正色道：“柳成龙，注意你的言辞。倭寇退出汉阳乃是因为我军连战连捷，倭寇难以支撑才在撤出汉阳之前传递请降之愿。此等大事自需上报朝廷，不许追击是因追之无益。与交易毫无关联。”柳成龙再问：“我不是向大人建议过追击之后，朝鲜各道官义之兵必能被朝廷统一调度，配合明军围歼敌寇，可获全胜么！”
宋应昌答道：“恕我直言，我对朝鲜军的战力毫不信任，又不想朝鲜军再度被倭军重创，因此不许追击。有关倭寇请降一事我也心存疑虑，因此我自是主战，也上疏进言。如今已有旨意，令我全军暂时只作驻守。如倭军北进，我必迎头痛击，另外听闻此次倭寇出兵近十万之众，兵力悬殊，即便没有旨意我也不愿打这一仗，自损元气又对战局于事无补。我劝你们应放弃晋州退守，晋州失陷已是必然。”
柳成龙不肯放弃，再劝宋应昌发疑兵即可，在柳成龙苦求之下，宋应昌答应布置疑兵迷惑日军。而在朝鲜将领中同样对晋州深感担忧的还有如郭再佑、金命元都是如此设想，不能力拼应放弃晋州。但朝鲜朝廷一时间也难以调动大军援救。
日军总大将宇喜多秀家召集诸将布阵，宇喜多秀家领伊达政宗、石田三成、大谷吉继等人率兵一万八千八百布城东；加藤清正领黑田长政、岛津义弘、锅岛直茂率兵两万五千六百布城北；小西行长领细川忠兴、宗义智率兵两万六千一百布城西；令小早川隆景及立花宗茂等率兵八千七百于西北紧盯南原及忠州动向；令毛利秀元率兵一万三千六百人于东北防备尚州及善山等地的明军来援；又令吉川广家领一队布在江南策应。
日将细川忠兴因曾亲身参与第一次晋州围攻战，记忆犹新，不免有所忧虑：“前次晋州之战时，朝鲜百姓也都全部助阵，以致攻城十分艰难，听说一路陆续涌入晋州的百姓已到六万，若他们也都协助守城，那我们真不知要攻到何日？”
加藤清正不满细川忠兴怯战懦弱，当即责备道：“上次晋州未能攻下原因不在有多少人守城，而在你们攻城无能。晋州百姓再多，兵器有限。凭借城墙倒还能有所作为，城破之后只有被屠杀的命。上次晋州之战就是因为你们太优柔寡断了，才会败阵，真是替你们感到丢脸。”
伊达政宗亦不想此次初至朝鲜便功败垂成，便凭借尊贵名位向诸将训导：“伊达家来此一为以身作则，二为受太阁殿下之命来此督战。晋州军民相加已接近我军兵力，鉴于前次经验，此次围城必然会颇费时日，我军众多无法完全展开，前几日自是批次攻城，同样也是消耗朝鲜力量。但请各位铭记，此次出阵只为攻下晋州。若各位不尽全力，战后请剖腹谢罪即可。太阁殿下也不想再见怯懦畏战之人。武士只有战胜封赏和战死沙场两种结果，除非事先谋划，不可再出现败逃之事。”宇喜多秀家对此表示赞同，于是令今日围城布阵，于次日开始攻城。日军布阵于晋州城外，四面日军如同汪洋大海，声势夺人。
朝鲜众将见城外日军已将晋州围的水泄不通，集合商议。庆尚道右兵使崔庆会道：“倭寇此来兵力惊人，即便血战到底晋州也未必能保，现在已经引灌南江加宽护城河，可顶一时。军械粮草已竭尽全力，如此尚忧不足，数万百姓每日也需照料。明日倭寇攻城之后各位各居本位只能随机应变。”
倡义使金千隘问道：“现今大家都是同仇敌忾，数万百姓也可为义兵，如此比较也不差他多少，晋州能守一次也能守第二次，实在不行就以身殉国，与倭寇战至最后一刻。只是倭寇太多，毕竟久历大战，明军和朝廷是否会来救援？”
金海府使李宗仁答道：“据我所知，朝廷还都王京不久，各道剩余兵力至今统计不全，除守卫王京的军队外，现在身在晋州的也只有我们了。还有权栗和李穦还在南原一带，兵败方退，一时间应无法支援。而且听闻朝廷中不少将领都认为晋州此次必将失陷而反对救援。柳成龙大人去向明军求救，还不知明军是否会来？”
忠清道兵使黄进对此提议：“倭寇已兵临城下，援军能来最好，若不能来只能依靠我们自己，但对军中及百姓还是需告知援军将至，以免之后士气懈怠。只要晋州城墙尚在，晋州便绝不会失陷。只要撑过几日，援军应会赶来。守城之时多注意奇特盔甲者，倭军将领盔甲各异，若能每次予以斩杀，必能有效逼退倭寇而减少我们伤亡。”
义兵首领高从厚起身立誓：“我父兄死于倭军之手，我今领义兵也是决意为父兄报仇，倭将小早川隆景不知是否就在城外，我立誓每日至少必射杀一将，总能将其揪出。我所领义兵也都是父兄旧部，此次共守晋州寸步不退，不死不休。”众将起誓，死守晋州！
围城次日，日军首批开始攻城，只见朝鲜早已引南江之水灌入护城河中，宽约丈余，难以轻进。秀家令日军开掘堤坝引走江水。随后日军用土块草垛填平护城河，顶竹盾向晋州城墙逼近，朝军弓弩毫无效用，日军在竹盾掩护之下于城角挖掘地道，但手法低劣，正挖间墙角塌陷压垮地道，李宗仁令朝军趁机泼下热油并以火矢助燃，城外火势大作，日军退却。
片刻之后日军第二批次开始强攻登城，朝军拼死抵抗，两军拉锯三日，日军攻城已不下十次，朝鲜军身心俱疲，金千隘率一队日夜准备军粮，逐个递送鼓舞士气，城外已成死尸遍地。后黑田长政献计：“可于城东修筑多处高垒，居高临下突入城中，避开攀城血战。”
石田三成疑惑是否有用？黑田长政说道：“如此血战也非上策，只为尽量减免我军伤亡，如此计不成再另做谋划，而且加藤清正的杰作龟甲车即将完善，如若两日内我军仍不能攻破晋州，便请加藤将此车投入作战。”宇喜多秀家应允。
第五日日军于城东筑高垒准备乘高跃入城中，朝鲜军民也相对筑垒并不断以火炮轰击垒顶，日军只得放弃。第六日，晋州城内箭石即将耗尽，金千隘、崔庆会、高从厚、李宗仁、黄进等人引领军民持续与日军撕杀，两军激战直至次日天命。
第七日加藤清正令日军将十辆新造好的龟甲车投入战斗，这龟甲车受朝鲜龟甲船启发，加藤清正在攻城冲车上加盖数层厚板，整体强度坚固耐用，构造精巧，打磨精细，可档落石弓弩能用于冲击城门、城墙，日军也能借此助力登城，只是笨拙缓慢。崔庆会见此龟甲车全为木质建造便下令向龟甲车浇灌火油引燃，一时间已焚毁数辆。加藤清正急令将全部龟甲车撤回外包牛皮以防火烧，加紧赶造，运至各队。
第八日日军再度投入数十辆龟甲车，大批日军在后从各面再次攻城，朝鲜将领忠清道兵使黄进遭铁炮射中阵亡，伊达政宗率部登城，伊达部悍勇无比，几次登上城楼，伊达政宗盔甲鲜亮，斩首众多成为朝鲜军的集火目标，日军为免伊达政宗有失纷纷掩护其撤退。金千隘闻黄进阵亡便强迫晋州府使徐礼元督阵，徐礼元登城后一见日军弹丸密集四射顿时魂不附体，逃窜下城不知所踪。忠清道副将张润接替督阵两个时辰后战死城楼。日军已有数支又登上晋州城，李宗仁、崔庆会再度号召百姓于城楼反击，此时天降大雨，朝鲜弓弩及日本火绳枪都已受潮，只能暂时罢兵。
但晋州城墙在龟甲车两日来不断冲击之下部分墙体已开始松动，大雨冲刷之下几处墙体已有崩塌之势，第九日日军再度攻城，加藤军攻破晋州一角，加藤部下武士及伊达政宗率先从此缺口突入城中，大队日军蜂拥入城。晋州军民转入巷战，迎来的确实无尽的屠杀。金千隘携子金象乾和崔庆会、高从厚等人退至石楼眼见大势已去，金千隘说道：“能与诸位在此合力一战，保卫家国，一生无憾，事已至此，应再无回天之力，此处便是我辈葬身之地。”
高从厚深觉悲愤，感慨言道：“我自感无能，深恨未能亲自斩下小早川隆景首级告慰父兄在天之灵。父兄之言言犹在耳，我高氏一门绝无贪生怕死之辈，苦战至今斩倭寇无数，想来也无愧列祖列宗，更未给义军丢脸。即便再无回天之力，我等身躯也绝不能落在倭寇手中受死后羞辱！”
崔庆会亦感言：“诸位忠心豪情令我感佩，如倡义使所言，此次得以一同并肩作战，虽死无憾。今虽逢绝境亦有与诸位义结金兰之愿！今日得以同死，来世再结伴杀敌报国！不知意下如何？”众人感动，想一饮诀别酒，却不料侍者却早已逃遁。见日军已追至楼下，崔庆会引领众人朝北跪拜，结为兄弟，齐跳南江殉国。
金海府使李宗仁勇力超群，率部转战四门，渐遭围攻被逼至南江，李宗仁见死不可免，便突然袭击将两名日兵夹在肋下大喊：“金海府使李宗仁死于此！”携裹日兵转身跳入南江。另一猛将金俊民纵马巷战，往来冲杀，终因寡不敌众被火绳枪射落马下，遭乱刀砍死。晋州军民难敌日军进攻，死于刀下者不计其数，其余百姓为避屠刀也只能选择葬身南江，日军屠城半日，焚烧民宅，推平城墙，掩井伐木，晋州成一片废墟。日军当夜彻夜狂欢，再作休整后便分批开进全罗道各处，朝鲜各军难以阻挡。
晋州沦陷后，宋应昌令刘綎急进兵陕川、吴惟忠进兵草溪布防。而日军军师黑田官兵卫于釜山也收到了来自丰臣秀吉的命令，调其回国问罪。黑田官兵卫返回日本后连番请罪并于七月剃发出家，号如水圆清。