在大海的深处，全是水的海底，羽戊良如同咸鱼一般躺在那里，不时畅游在水中，偶尔去吞噬一些浓度很高的放射性物质。
与羽戊良的悠闲舒适相比，人类就显得紧张又焦虑。
第三新东京市破坏严重，重建工作相当艰巨，而且必须赶进度，毕竟谁也不知道下一个使徒什么时候到来。
如今24层装甲板被破开，NERV总部门户洞开，不尽早修复的话，下次使徒直接从那里下来轻松加愉快。
人类逐渐感到压力，原本对自己的武器极为自信，相信可以消灭使徒，却发现那都只是笑话而已。
接着又把希望寄托在NERV以及EVA身上，一开始寄予厚望的EVA，因为羽戊良这只哥斯拉的乱入，一切又被打乱了，除了第五使徒被零号机偷偷开枪射杀，其他使徒全部是被羽戊良击败的。
而羽戊良还毫不客气地吞噬了使徒的身体以及核心，完成了各种各样的进化。
深知自身太过渺小的人类自然有了紧迫感。
所幸NERV方面有应对措施，目前在碇源堂的亲自监督下，一个用来对付羽戊良的项目正在悄然进行。
在此期间，人类这边似乎一切都不是很顺利。
“你说什么？消灭了？”
正在浴室中洗澡的葛城美里接到紧急电话，震惊地直接从浴缸里站了起来。
“EVA四号机和第二支部都被消灭了？”
发生这样的大事，NERV总部立刻召开了紧急会议，使徒分析出究竟是什么原因造成的。
但因为第二支部已经彻底被摧毁，没有相关的影像资料，所以暂时无法得出具体结论。
不过由于EVA四号机是为开发次时代机型提供数据的实验机体，所以高层认为无论发生什么都不足为奇，于是没有太将这件事重视。
接下来，就是美国支部强烈要求将EVA三号机送往R国NERV总部，具体原因不清楚。
EVA三号机作为最新机型，能力自然不容忽视，SEELE也是鼓励碇源堂将其最为未来的战斗主力。
这其中也是引起了一番争执，碇源堂生性谨慎，不愿意尝试没有经过测试的EVA三号机，而SEELE则是劝碇源堂放弃作为实验机的零号机。
当然最后以碇源堂服从SEELE的意志结束了这次秘密会议。
面对SEELE施加的压力，碇源堂保持着一贯的思考姿势，沉声道：“必须尽快让初号机觉醒才行。”
与此同时，作为EVA驾驶员的三人，各自的境遇也是有所不同。
众所周知的绫波丽，身为容器性质的人造人，接受着她应有的命运，被BT碇源堂这家伙疼爱着。
原先可能是主角，现在因为羽戊良出现而失去了头上发光光环的碇真嗣，在学校的楼顶上遇到了神秘的空降美少女，确确实实是跳伞下来的。
这名美少女就是真希波，第四名EVA驾驶员，她跳伞下来自然不是为了恰鸡，似乎另有目的。
明日香肯定也发生了一些事情。
由于NERV总部需要接收EVA三号机，因为“梵蒂冈条约”，所以必须要封印一台EVA，于是选择了明日香的二号机。
这就导致了明日香的不爽，对此非常不满。
同样的，作为补偿，明日香成为了EVA三号机的试验驾驶员，首先确定三号机的技能以及安全稳定性等等。
“那就是DummySystem（傀儡系统）啊？”
站在远处机架上，看着给初号机以及新到三号机（原剧场版只有初号机）安装新驾驶舱的葛城美里，自语道。
“虽然名义上只是用来辅助驾驶的，不过它不仅能单独操作机体，甚至在无人驾驶的状态下也能产生A.T.力场。”
“比起让小孩子来操纵，确实要人道多了！”葛城美里旁边的跟班回道。
葛城美里微微眯起眼睛，看着碇源堂的背影，若有所思，她不认为这个傀儡系统单单是为了辅助驾驶，恐怕还有更深层次的东西。
“嗯？那是什么？我记得之前并没有这个装置。”
突然，葛城美里发现了新的驾驶舱有新的变化，之前样机中并没有见到，就是驾驶舱屁股后面，多了一个漆黑色的箱子，上面写了一个大写的“G”字母，不知道那是用来干嘛的。
“这个，我也不知道，不过最近碇司令一直在亲自负责一项计划，或许与那个有关？”
跟班摇了摇头，想起碇源堂这段时间的表现，推测道。
葛城美里只能叹了口气，只能祈祷这东西对初号机，甚至是碇真嗣不要造成不良的影响，毕竟碇真嗣可是碇源堂的亲儿子，虎毒不食子，这个道理在后者身上应该成立吧？
三号机试验当天。
明日香与葛城美里通了电话，也算是一直倾诉，至少不会让自己的内心太过压抑。
坐在驾驶舱中的明日香嘴角露出浅浅的笑容，自嘲道：“这样啊，原来我也是会笑的……”
“塌噶！”
突然一声异响传来，明日香好奇地看向前面，惊恐地发现一团诡异的猩红在驾驶舱前端逐渐扩散变大。
不一会儿功夫，在明日香尚未反应过来的情况下，整个驾驶舱失去了原本的样貌，没有座舱，没有操纵杆，仿佛整个人沉浸在红色的海洋中。
“呃，啊？这，这是什么？”
“呵呵呵！”
“哈哈！”
“呵呵哈哈！”
“唔呵哼哼哼！”
明日香听到了许许多多奇怪的笑声在耳边响起，紧接着她背后（斗气化翼）出现了一对翅膀，推着她不断前进，也就是深入污染区中。
在明日香惊恐无比的眼神中，却无能为力，这时候她心中闪过的，会是那个人吗？
“叮！”
三号机沉寂的双眼猛然亮了起来，身体也开始躁动。
“插入栓深度超过100！”
“精神污染浓度也进入危险区域！”
“怎么回事？为什么突然间出现这样的情况？”
听到系统发出的警报，整个试验指挥室亮起了红灯，葛城美里眉头紧皱，询问到底发生了什么事。
“驾驶员超过安全深度！”
“快停住，这样下去的话，驾驶员会失去人形的！”赤木律子没料到情况突然，急声道。
“试验终止，快切断回路！”
葛城美里立刻下令道。
……