把天灾的原因归咎于泰西人对美洲原住民的灭绝，是因为朱由检必须为接下来发生的天灾找出原因。
在儒家的天人感应理论中，天意与人事是交感相应的。天子如果违背了天意，上天就会降下灾异进行谴责和警告。
所以灾异出现后，天子要负责任。
这种理论在朱由检看来很扯淡，但是儒家士子却紧抱着不放，以此约束君王——
董仲舒的《春秋繁露》，更是把灾异说发扬光大。这种学说在两汉极为盛行，以至于天子不得不找大臣背锅，让他们一起担责任。
因为天子背锅变成大臣背锅，天人感应学说在两汉之后已经不再那么盛行。但是人间出现灾荒，仍旧会有人归罪天子。
历史上崇祯皇帝下了六次罪己诏，其中有一次是专门因为天灾，还有三次包含天灾的原因。
鉴于接下来几十年天灾实在太严重，朱由检不想频繁下罪己诏，就必须要找个解释，把天灾归罪于他人。
所以，被后世一些科学家推测的小冰期有关的美洲原住民大灭绝，就这样被他找了出来。以太祖成祖托梦的名义，提前告知群臣——
让天下人知道以后出现天灾，是泰西人杀戮过重的原因，不能怪自己这个天子、逼自己下罪己诏。
群臣不知道皇帝的这个考虑，很多人仍旧有些不信。但是让他们否认皇帝的说法，同样也很困难。因为之前给紫阁功臣封城隍，他们已默认了太祖成祖托梦之事为真、天子有册封神灵的权力。
现在如果否定皇帝的说法，就得把之前封城隍的事情否定。很多臣子对此，都是非常不乐意——
毕竟城隍庙可以有城隍后人当祭司，能够让被封神的臣子后裔有世业。对于不信神的臣子来说，也是肉眼可见的利益。
这种给后代谋福利的事情，怎么能推出去呢？
再加上册封城隍木已成舟，京城很多人都在祭拜，他们就是想反悔，也没有了机会。
所以群臣对皇帝的说法大多保持沉默，不出言表示支持，但也不会反对。
这样就给了温体仁等依附皇帝的臣子发挥的机会，他们积极发言，似乎就代表了沉默的大多数，朝堂上充斥着他们的声音。
尤其是温体仁，因为之前曾打算向徐光启学习西学，推出自己的学问。
在皇帝安排张溥向徐光启学习、并且推出科学后，温体仁知道自己的这个想法是破灭了。不过因为曾经的想法，他仍旧可以说是朝堂上最了解泰西人的大臣之一。
通过对这些人秉性的分析，温体仁认为泰西人畏威而不怀德，和周边蛮夷无异。
他的这个解释，很容易让朝堂上的儒家大臣接受。因为在他们的观念中，除了大明之外，其他异族都是蛮夷。
这些臣子对泰西人或许不怎么了解，但是批判起蛮夷，那是滔滔不绝。甚至还有人提到了沈纮在南京禁天主教的事情，应该禁绝泰西人传教。
不过这件事情，遭到徐光启的激烈反对。作为天主教徒的徐光启，当然不愿意再一次发生教案。
那些东林党和倾向东林党的臣子，因为沈纮是魏忠贤的老师，大多厌恶此人。对沈纮的禁教措施，同样也不支持。
所以禁止天主教的政策，并没有被推行。
朱由检也不想彻底禁教、打断东西文化交流，所以只是应一些臣子的要求，让太常寺制定更严厉的措施，限制天主教传播。
徐光启身为教徒，对此当然不满意。面对他的反对，朱由检道：
“徐卿可知泰西那边除了罗马教廷的天主教，还有几个教派？”
徐光启对此不大了解，因为利玛窦等人都是天主教耶稣会教士，他们当然不会宣扬其他教派。
朱由检用自己了解的一些知识，向徐光启道：
“泰西的天主教，属于信仰基督的一支，可以看做基督教的一个教派。”
“以罗马教廷为首的天主教，可以称为罗马公教。”
“除此之外，还有欧洲东部的罗刹人信仰的东正教，和天主教差异很大，两者早已分开。”
“近几十年，又有马丁·路德等人创立了新教派，可以称为新教。”
“新教和罗马公教水火不容，甚至发生大战。”
“据朕所知，泰西那边分别支持新教和天主教的国家，已经打了十年。未来还可能打几十年，直到打不下去。”
“徐学士，你觉得新教的人，在知道耶稣会在大明传教后，会不会同样派传教士？”
“如果他们在大明蛊惑了一些人，再和耶稣会起纷争。难道放任两个教派的信徒，在大明打宗教战争？”
这些东西，徐光启都是第一次听说。他不知道皇帝说的是真是假，但是从皇帝说的人名、事迹来看，似乎不像假的。毕竟新教和罗马公教真的打起来的话，从欧洲过来的泰西人不会不知道，马丁·路德这个名字，似乎也很好打探。
所以面对皇帝的质问，他只能保持沉默。甚至心里面还想到皇帝所说的传教士作为先导、对美洲原住民灭绝的事情，这让他的信仰受到很大冲击，一时头脑混乱，不知道要说什么。
其他臣子听到皇帝说欧洲正在打宗教战争，对此纷纷不理解。实在是因为中国古代历史上虽然有一些战争存在宗教因素，却并没有严格意义上的宗教战争，不会因为信仰不同就打起来。
他们对于此事感到很是奇怪，一些人觉得蛮夷就是蛮夷，不能当正常人看待。同时他们对天主教产生了警惕，开始倾向禁教，免得大明子民信教的人数多了，发生宗教战争。
对此，朱由检考虑之后，说道：
“除了耶稣会外，基督教其它教派，不得在大明传播。”
“若有耶稣会之外的基督教传教士来大明传教，耶稣会和其它佛道教派，皆有责任检举。”
通过给耶稣会传教特权，让他们对付基督教其它教派。
毕竟在朱由检看来，耶稣会的传教士还是有些作用的，他们带来了很多西方科学知识，给大明的思想文化带来很大冲击。从一些方面来说，他们是有积极作用的。
而且耶稣会的教义，和其它基督教派差异很大。甚至派他们来大明传教的罗马教廷，都不见得能接受他们的教义——
这是最有可能本土化，对抗基督教其它教派的教派。
如果耶稣会能完成本土化，它有可能像东正教、新教一样，成为基督教的一个新教派。
甚至反过去向泰西传播，让泰西人通过这个教派，接受大明学问。
为了达到这个目的，朱由检决定把耶稣会的教义，和佛道二教融合，让它更加本土化。
看着垂首不语、不知在想什么的徐光启，朱由检道：
“听说天主、上帝的名字，是徐卿和利玛窦等人一起翻译的。”
“徐卿能不能说说，为何如此翻译？”
徐光启听到问话，整理一下心情，说道：
“吾天主乃古经书所称上帝也。《中庸》引孔子曰：郊社之礼，所以事上帝也……”
“上帝有庭，则不以苍天为上帝可知。历观古书，而知上帝与天主，特异以名也。”
“故而利师在翻译时，称为天主、上帝。”
“去年在嘉定聚会时，还商讨过译名。”
朱由检听到嘉定会议，对此颇感兴趣，让徐光启仔细解说，把那些传教士的意见道出来。
徐光启当然不愿说，因为他知道说得越详细，耶稣会的教义越容易被人攻击。
但是在皇帝的要求下，他只能简单提了提，把各个传教士的意见道出来。
即使他说得已经很温和了，群臣在听到一些传教士提出的不许拜其它神、不许祭孔祭祖、不许纳妾……还是感觉受到了很大冲击，对那些反对祭孔祭祖的传教士很是敌视，赞同禁教的大臣也多了起来。
更有人看徐光启的目光，也发生了变化，觉得这个和传教士混在一起的大学士，不是儒家门人。
一些科道言官感觉看到了机会，更是开始乱喷。还有人弹劾徐光启，认为他不配当大学士，应该立刻罢免。
徐光启面对弹劾，只能脱帽请罪。朱由检不想失去这个能臣，让太监把徐光启搀起来，说道：
“耶稣会没有被禁，朝廷不会因为官员信仰耶稣会就罢免。”
“但是你们这个耶稣会的教义，还是要改一改。”
“你们引用孔子的话定了译名，怎么能不允许祭孔呢？”
“那些传教士的说法，实在是没道理！”
给这件事定了性质，朱由检又说道：
“天主、上帝这两个译名，实在是太空泛。”
“天主是哪一天的主人？是西天之主如来世尊，还是太清天之主道德天尊？”
“朕听说天主居于天堂，是否应该称为天堂之主，明确天主的身份？”
“上帝这个名称同样如此，是代指玄天上帝呢？还是代指勾陈上宫天皇大帝？”
“总不能代指皇天上帝，想夺了皇天的名位？”
群臣听闻此言，对天主教恶感更甚。这种不明确哪一天的天主，在他们看来是想作为天的主人。上帝一说说法，也是想侵夺皇天上帝名位。
所以他们纷纷认为，天子应该代天封神，给天主教神灵册封神位，明确是哪一天之主、又是哪个上帝。
朱由检在他们的支持下，给deus定下天堂之主、陡斯天主、陡斯天尊、陡斯上帝、陡斯上神等译名，让徐光启去和传教士商议，看他们更认同哪一个。
在他们议定之后，自己再正式册封——
如果耶稣会能接受，那么天主就成了诸多天界的主人之一、上帝也成了玄天上帝那样的神灵。民众能在祭拜真武玄天上帝、太清道德天尊、西天如来佛祖等神仙时，同时祭拜他们。
用这一个方式，把基督教诸神像佛教诸神一样，融入中国传统神话体系。未来天堂诸神，可以像灵山诸神那样，作为天庭诸神之外，相对独立的外藩神灵。
这在朱由检看来，是把基督教彻底本土化的方式。耶稣会的传教士能够接受最好，不接受的话，以现在群臣的态度，估计会支持禁教，把他们赶出大明去。
徐光启听着群臣的言语，明显想到了这个后果。此时他真觉得心里发苦，为耶稣会前途而忧心。
在今日开会之前，他是实在没想到，这个针对民乱和灾荒的会议，会首先针对耶稣会。
此时此刻，他只希望耶稣会的开明传教士多一些，能够像利玛窦那样，允许祭孔祭祖。
群臣对天主教了解越多，就越觉得要受限制。更有人想到了前段时间在经筵上提到的教皇，以及泰西诸国君主要受教皇加冕之事。
他们纷纷觉得，这种加冕的事情，不能在大明出现。教皇这个译名，也是对皇帝的冒犯。认为应该改个名字，禁用教皇称呼。
教皇这个译名，是艾儒略在天启三年编撰的《职方外纪》确定的。它来源于拉丁文papa，papa的意思听声音就知道是“爸爸”，曾经被当做对基督教高级教士的称谓。后来基督教分裂为天主教和东正教后，papa一词在天主教中演变成教廷首脑的专称。
群臣对这种称别人为爹的称呼，纷纷表示不能接受。对天主教的厌恶，更加多了一些。看向徐光启的目光，还有一些玩味——
毕竟徐光启信仰天主教，要称罗马教廷首脑为papa。
最终，在经过一番争论后，朱由检按后世的翻译，将papa译作“教宗”，命耶稣会修改。
群臣受到鼓舞，大有把耶稣会的译名，全部更正一遍之意。朱由检不想在朝会上浪费时间商议这些，下令让礼部和太常寺负责。
在规范西方词语译名的同时，让他们根据自己提出的拼音方案，为大明的各种词语制定字母译名，编撰汉语和拉丁语等西方主要文字的词典。以后如何翻译，都要按词典来。
张瑞图、徐光启、温体仁、孟绍虞等人，被任命负责这件事。
然后会议的方向，才重新转向民乱和灾荒，继续这个正题。