正月二十七日，文华殿，朱由检召集阁臣、九卿，以及三法司和太常寺相关官员，处理钱千秋案。
这件案子是温体仁重新提起的，朱由检首先询问他：
“温卿参钱谦益受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，犯下科场舞弊之罪。”
“这件事可有实据吗？”
温体仁毫不犹豫地道：
“臣参钱谦益的罪名，字字都是实的。”
朱由检继续问道：
“钱千秋案刑部已经结案，难道还有疑问吗？”
温体仁反驳结案一说，回道：
“刑部将金保玄、徐时敏问罪，钱千秋却逃了，并不曾到官，此案怎算了结？”
朱由检闻言点头，认可这个说法。涉案的主犯逃了，当然不能说结案。
所以他转向钱谦益，询问道：
“温体仁参卿受钱千秋贿赂，以‘一朝平步上青天’为关节，可是真的么？”
钱谦益当然不承认这件事，急忙辩解道：
“臣于天启元年典试浙中，一时号称得人，初不闻有钱千秋之事。”
“到京复命之后，才知道钱千秋一事，当即上疏参他，现有奏案在刑部。”
朱由检听到回复还没有说什么，温体仁径自插话，语气咄咄逼人，责问钱谦益道：
“钱千秋逃了，徐时敏、金保玄是中间人，在刑部亲口说和钱谦益有关，这件事如何赖得过？”
钱谦益继续辩解，回道：
“臣不敢多辩，现有卷案在刑部。”
“钱千秋试卷原是真定府推官郑履祥取的上卷。臣为总裁，不能遍阅，只看他七篇文字，又看他后场也通，不曾看到结尾七字。一时疏略之罪，臣不能辞。”
只承认失察之罪，想要把这件事糊弄过去。
朱由检对此当然不满意，询问苏茂相道：
“对于钱千秋案，刑部有什么话说？”
刑部尚书苏茂相回道：
“此案是在天启二年审判，臣当时尚未到刑部，不曾见过案卷。”
“如今刑部审判职权移交大理寺，案卷也在移交，一时难以把案卷找出来。”
朱由检暗暗点头，觉得苏茂相识趣，看出自己是想借这个案子发挥，所以没有把案卷拿出来——
否则案子定了，朝堂上还有什么好争的，自己还用什么拿捏钱谦益？
所以他没有责怪苏茂相连个案卷都找不到，说道：
“移交案卷是大事，这件事一定要办好。”
“大理寺要建立专门的档案室，分门别类编号，存储好这些案卷。”
“以后所有案卷要分密级，供不同级别的人查阅。”
“除了永不解密的，其它案卷根据密级划分，在十到三十年内解密，允许公众查看。如果将来印刷技术成熟，可公开印刷出版。”
“所以大理寺的断案要慎重，要经得起时间检验。”
“刑部和都察院要做好监督，不要让大理寺和地方衙门胡乱断案。”
告戒了三法司一通，朱由检继续说钱谦益的事情，询问群臣道：
“你们说钱千秋的案子，算是结案了吗？”
温体仁把案子重新提出来，当然不承认已经结案，一口咬定道：
“钱千秋不曾到官，当然不算结案。”
钱谦益否认这种说法，认为已经结案：
“钱千秋其实到官，臣岂敢欺皇上。”
两人各执一词，又没有案卷作证，朱由检无法分辨谁对谁错，询问阁臣道：
“你们说钱千秋案结案了吗？”
阁臣中现在没有一个东林党，当然不会偏向钱谦益，反而对这个回到朝中便兴风作浪的东林党人有些不满，没有人为他说话。所以他们敷衍道：
“案卷找出来后，这件事就明白了。”
意思是把这件事推后，留待以后再说。
朱由检也是这个意思，想要用这个案件牵住钱谦益，避免刚回到朝堂的官员以他为首，反对自己在年前定下的政策。所以他询问其他臣子道：
“卿等还有意见吗？”
群臣大多没有意见，唯有太常寺卿李标，作为钱谦益的上级，不得不为他辩解两句，说道：
“科场舞弊之事，实与钱谦益无干。”
朱由检对李标这个太常寺卿还算尊重，认真解释道：
“朕也希望无关，否则浙江的举人秀才，就要闹起来了。”
“为了明正视听，朕决定让大理寺重审此案。将此事查得清清白白，以免世人误解。”
又向钱谦益道：
“钱少卿，朕不是要针对你，而是乡试的事情太大，必须有个说法。”
“你也不想背着嫌疑，以后被人在后面指指点点吧？”
钱谦益想说这件案子已经结了，根本不用再审。但是又知道既然被温体仁提起来了，就必须有个结论——
否则他就要一直背着嫌疑，让人以为他参与了钱千秋科场舞弊案。
所以对皇帝的说法，他只能承认，说道：
“臣无能，在乡试时失察，以致犯下过失。”
“请陛下责罚！”
朱由检见他认罚，对此微微点头。他既然启用钱谦益，就没想过把这个人重新赶回去，回家乡培植影响力。所以他下令道：
“你的过失是有的，先罚俸三月、闭门思过三月，检讨自己的过失。”
“三个月后，钱千秋案的究竟，应该审出来了。”
“要不要继续处罚，由审判结果决定。”
没有被判罢官、也没有其他惩罚，钱谦益心中一松，知道皇帝是小惩大诫，三个月后审判结果出来，他多半会没有事。毕竟钱千秋案已有定论，只要他坚持之前的说法，就能从中脱身。
温体仁则有些不甘，想要把钱谦益一棍子打死，提醒道：
“陛下，钱谦益是盖世神奸，满朝都是党羽。”
“此人不可轻纵啊！”
打蛇不死反受其害，这个道理温体仁是非常明白的。如果这次打不倒钱谦益，以后他就要面临钱谦益和东林党的反攻了。所以他不顾其他人的目光，继续说钱谦益是盖世神奸。
朱由检却没有理会，摆了摆手说道：
“钱谦益区区少卿，如何会把党羽安排得满朝皆是？”
“卿有怀疑是好事，却不可捕风捉影。”
“若说钱谦益结党，他的党徒是谁，什么时候密议，为何毫无实据？”
“此事不用再提，朕心中自有决断！”
不愿提结党的事，不想让朝堂再起党争，朱由检压下温体仁的攻讦，向群臣道：
“这件事到此为止，诸位还有异议吗？”
群臣缄默不言，朱由检对这种现象极为不满，说道：
“问着不言，退后便有千言，是怎么说？”
首辅黄立极无奈，只能代表群臣回应：
“陛下所言极是，臣等毫无异议。”
太常寺卿李标急于结束此事，说道：
“臣等共事尧舜之主，如何敢党？”
把钱谦益结党的事情，同样撇在一边。
朱由检见他们都回了话，才终于感到满意，让内阁拟了票拟，用朱笔亲自批红，定下处理结果：
钱千秋案重审，钱谦益罚俸三月、闭门思过三月。
至此，今日的会议才宣告结束，群臣相继告退。
朱由检命人留下温体仁、钱谦益，先和温体仁单独谈话，说道：
“温卿一片忠心，朕是知道的，否则也不会把你提拔为礼部尚书。”
“只是身为国家大臣，做事要讲实据，不要信口开河，说一些耸人听闻的大言。”
想到温体仁的《直发盖世神奸疏》，朱由检就忍不住想笑——
这让他想到了后世的震惊体，实在太有趣了。
为了避免臣子给自己的奏疏都变成震惊体，他当然要刹住这股风气，免得群臣学习。
温体仁听到皇帝这么说，也禁不住老脸一红。他本以为皇帝是年轻人，看到这样的奏疏会受刺激。
没想到皇帝的见识比他预想的多得多，这点文字上的把戏，根本瞒不过他。
好在他的脸皮厚，知道这种做法很多人都能看出来。强压下心中羞赧，故作镇定地道：
“臣一身孤立、一片忠心，为陛下揭此神奸。”
“臣在乡中听闻，钱谦益自卖举人钱千秋之后，手段愈辣。凡文宗处说进学者，每名必要银五百两，帮凛者每名银三百两，科举遗才者要银二百两。”
“倚恃东林，把持党局，喜怒操人才进退之权。”
“陛下切不可小看钱谦益，此人实为结党欺君之神奸！”
朱由检听他这么说，也逐渐变了颜色。
东林党把持人才进退，他是有所耳闻的，却没想到钱谦益能做到这个地步。连进学的秀才、儒学的廪生名额、参加乡试的资格都能掌控，这让他觉得东林党在地方的影响力，实在太大了点。
不过这些事情都没实据，因此处罚钱谦益有点捕风捉影，也无法根治这种行为。朱由检只能叹了口气，向温体仁道：
“温卿既然知道这件事，就要想办法从根源上解决，让科举更加公正，奸人无法作祟。”
“此次会试，是朕登极以来第一次取士，温卿一定要帮朕办好了，不能出现差错。”
“朕的要求只有四个字：公平、公正。”
“要让人挑不出错来！”
勉励了温体仁几句，朱由检还亲笔写了这四个字，把它送给温体仁。
温体仁接到皇帝的御笔，激动地有些说不出话来。此时此刻，他不再遗憾皇帝没有彻底打倒钱谦益，而是知道皇帝已经明白自己忠心。
可以说，从现在开始，他就是有着圣眷。只要圣眷不衰，就没有人能打倒自己。甚至以后入阁，也有很大机会。
用一幅字对温体仁的忠心做出回应，朱由检为了酬功，还得给实际的赏赐，询问道：
“卿的加衔，还是承政使吧？这样可和尚书的身份不符。”
“传旨，加礼部尚书温体仁为从二品承政大臣，代表礼部参加常参会议。”
“今后礼部的事情，温卿要多多费心，太常寺等受礼部督导的衙门，也要多关注点。”
把礼部系统的职权，完全授予温体仁。
刚刚回到朝中，温体仁虽然知道皇帝对九卿九寺做出调整，改变了朝堂权力分配。但是对礼部尚书的职权有多大，却没有完全认清。
此时他仍是把礼部尚书作为入阁的跳板，想要在将来成为阁臣。所以才会把钱谦益当对手，想要掀翻这个人——
因为钱谦益这个少卿，再进一步就是侍郎，成为阁臣候选。
以钱谦益在东林党的声望，这个顾宪成的后辈、文名满天下的人，必然会获得东林党人支持、被他们廷推入阁。
所以温体仁才会如此看重钱谦益，在钱谦益撺掇他出头质疑皇帝政策后，认识到自己有可能和他交恶，毫不犹豫地上疏攻讦，想把钱谦益一棍子打死、以免在将来影响到自己。
但是他没想到的是，现在朝廷的局面，不需要他成为阁臣，就能有很大的权力。朱由检也没有动内阁的想法，避免朝堂动荡。
所以温体仁把钱谦益彻底打下去的想法，其实并无必要。他这个礼部尚书的职位，不仅仅是入阁跳板。
这些事情，温体仁在回去细细思索、深入了解礼部尚书的权力后，慢慢就会想明白。
他的心思，也会从一心入阁，转为在礼部尚书这个位置上做事，获得更大的权力。
勉励了温体仁一番，朱由检看着他离开的背影，心中泛起感慨：
『不愧是青史留名的奸臣，心思真是机敏啊！』
『之前没有把钱谦益打死，现在又埋了一根针。』
『有把持人才进退的能力在，朕该如何用钱谦益？』
对钱谦益一直怀着戒心，朱由检先前却有些小看他，认为一个少卿级别的官员，掀不起多大风浪来。
此时听温体仁揭发，才知道钱谦益和东林党人在地方的影响力，达到了影响人才进退的地步。地方上的秀才，要仰他们鼻息。
也难怪钱谦益一上疏，很多人就随着上疏。这个人的影响力，实在太大了点。
想着这些事情，朱由检在温体仁离去后，又把钱谦益在外面晾了一会儿，直到想好对东林党的态度，才把钱谦益召进去。