招抚郑芝龙对福建地方来说是大事，朱由检也很重视。
但是在朝堂上面，大多数官员根本就不在意——
区区一个海寇，是招抚还是剿灭，根本就影响不了朝堂局势。
这也是朱由检之前宣布境外戒严由他直接管理时，没有大臣反对的原因。
就连朱由检，虽然内心对郑芝龙和他的海盗集团很重视。但是在建立海军衙门的大事面前，也只是就郑芝龙的事情说了几句话，然后就略过去。
他更关注的，目前是收取海关税收，缓解大明的财政困境。长远来看，是用专门的海洋机构，引领大明走向大航海时代。
作为一个税种，关税在后世占各国财政收入的比例并不高。大部分国家是通过调节关税，调节进出口贸易。
不过，在对清末有些了解的朱由检看来，关税的潜力很大。清末各种赔款贷款，通常就是以关税、盐税做抵押。
可以说，关税是除了盐税之外，另一个方便收取的税种。而且对民众的影响更小，不会因此闹出农民起义。
但是怎么把税款收上来，怎么防止偷税漏税，是一个很大的课题。
朱由检虽然做好了花几年时间完善海关总署的准备，但是如果能把漏洞提前发现，在海关成立之初就尽可能地堵住漏洞，那样自然更好。
回想着后世的海关机构，朱由检想到了一个名词：关衔。
虽然他不记得具体划分，也不知道关衔的作用是怎样，但是既然后世实行了，他就仿照着实行。海关由护军都尉管辖，护军的那些勋级，正好作为关衔使用。
而且既然有衔，朱由检就猜测其中多半有武装。想着海上的走私犯不能都让海军去抓，朱由检道：
“海军衙门设立海警总队，以护军都尉管辖，负责海岸警卫。”
“各海防区没有舰队分舰队的，可以不设旅将、参将，以护军校尉管辖的海警支队、海警大队负责警卫即可。”
“除此之外，海警有缉私职责，配合海关总署征税。”
“如果有人拒不缴税，海警可强制执行，甚至罚没货物。”
“没有纳税证明的货物，一律不得出关。”
“纳税证明由海关总署和四海银行共同开具，必须在银行入账后，才算完结。”
“海关总署和四海银行设立督查机构，对此相互查验。”
这个决定刚说出来，俞咨皋便感觉有些不痛快。因为皇帝刚刚说了海上的一切都由海军管，如今却成立护军都尉管辖的海警，负责警卫缉私——
这明显是分他的权力，让他在海上不能为所欲为。
而且不止是他，毛文龙听到没有纳税证明就不能出关后，当即就向皇帝道：
“陛下，皮岛的事情怎么办？”
“海商从山东运输货物到皮岛，要不要缴纳关税？”
朱由检听到这个问题，顿时陷入沉思。皮岛虽说是朝鲜领土，目前却是毛文龙寄居的，从山东运输货物到皮岛，要不要收取关税呢？
俞咨皋也趁机道：
“海商从南方运输货物到北方，要不要缴纳关税？”
“还有在海上的渔民，他们的船只没有海关纳税证明，海军能不能缉捕他们？”
这就更麻烦了，朱由检不可能把这些具体问题一一解决，所以他下令道：
“在海军学堂成立海关专业，专门研究如何加强关禁、防止违禁货物出口和偷税漏税。”
“至于海上的渔船，小船可以不用收税，长度超过十米或二十米的渔船，需要在当地海军机构注册，确定不用于运输货物。这个渔船的标准，由海军衙门研究确定。”
“所有能长途运货的大船，都要注册纳税。”
“在国内运输的，通关纳税之后，到目的地由当地海关开具证明，然后拿着证明，去四海银行退税。”
“皮岛货物同样如此，在皮岛设立海关机构，他们开具证明后，同样可以拿去四海银行退税。”
祭出了退税这个方案，朱由检宁愿麻烦点，也不愿有人钻空子偷税漏税。
同时，为了防止有人伪造，朱由检嘱咐工部尚书薛凤翔道：
“薛卿和海军衙门的人商量一下，制定出纳税单据和证明文书的通用格式。由印刷工坊以宝钞的规格研制特殊纸张和墨水，统一印刷使用。”
“各机构的印章和印泥也要加强防伪，防止被人伪造。”
“发现伪造印章、单据、公文的，执法机关缉捕。”
这是把刚刚设立的印刷工坊给用上了，薛凤翔心中振奋，知道皇帝真的重视工部。
但是俞咨皋和毛文龙，却是心中哀叹。知道这样的制度一旦实行，他们就同样受到限制了。
以前他们在海上航行时，可以顺便带着货船运货，甚至直接用水师船只运输，根本没有人管。如今有海警海关监督，他们就不能这么为所欲为了。
那些文官护军一定会对他们这些武将严查，揪他们的错处。
毛文龙想到这件事情，便向皇帝询问道：
“为水师运输货物的船只，海关和海警也能查吗？”
“他们需不需要缴税？”
他不说朱由检还没想到，听到毛文龙这个问题，朱由检立刻想到了海军有可能夹带货物、监守自盗，所以他立刻道：
“用于军务的民船，同样需要注册。”
“只有确定在执行军务时，才能不用纳税。”
“海关要派出人员检查，和海军一起开具证明，严防这些船只私运货物夹带。”
“除了军队后勤货物，以及水师官兵的私人物品外，这些船只运输的其它货物，同样需要缴税。”
这个决定，让俞咨皋心中更是哀叹，觉得受到的限制更多了。海关是海军护军使直管，派出的人员不一定会卖他这个海军提督面子。到时候他再想要运货，那就不容易了。
他是感觉皇帝对海关的设置越来越严密，但是朱由检却感觉到，海关作为新设机构，需要补的漏洞实在太多，自己一个人根本忙不过来。
所以，除了在海军学堂设立海关专业外，朱由检决定在海军衙门设立监察机构，向兵部尚书、协理三法司的袁可立道：
“监军总署进展得怎么样了？”
“海军衙门要设立监察署，派遣监察御史监督。”
“海军衙门的监察不能全靠太监，兵部和都察院要承担起责任来。”
把海军衙门这个新设机构，纳入兵部和都察院监管。