“外廷有吏户礼兵刑工六部和都察院。”
“如今内廷的司礼监相当于礼部和内阁、翰林院、国子监。御马监相当于兵部。都知监相当于都察院。”
“御用监和内官监的原本职责相当于工部，增设的内官司相当于吏部。”
“刑部在内廷不需要，三法司事务都交给都知监就行了，执行和审判让锦衣卫监负责。”
“最后还缺少的，就是内廷户部。”
仿照外廷整理内廷官职，朱由检下令道：
“内府供用库等库，合在一起设立内府监。”
“内府监设府库司、财务司。府库司掌管府库，财务司负责收支。”
“内廷收支用度，以后归内府监。”
想着王朝用去张家口后，能把王承恩换回来，朱由检任命道：
“内府监暂时由王文政掌管，审查各府库人员。”
“待王承恩回京后，让他担任掌印。”
“顺天银行、宝和六店等机构，也暂由内府监兼管。”
这样内廷的机构就完整了，没有明显缺陷。
但是十二监四司八局，再加上御药房、三经厂等衙门，实在有些太多，朱由检感觉自己不可能直接管理那么多衙门主官。
再加上内廷的原有关系要打乱，人员也要精简，这让朱由检下决心把它们打乱重组，明确权责归属：
“惜薪司、混堂司、宝钞司、银作局、兵仗局、盔甲厂、王恭厂，归内府监兼管。”
“钟鼓司、更鼓房、刻漏房、弹子房，归御用监兼管。”
“浣衣局、巾帽局、针工局、内织染局、织染所、篦头房，归尚衣监兼管。”
“酒醋面局、司苑局、甜食房，归尚膳监兼管。”
“灵台、道经厂、汉经厂改称佛经厂、番经厂改称西经厂，归司礼监兼管。”
把四司八局和其它衙门划归各监兼管，朱由检担心又遗漏，询问刘若愚道：
“还有什么衙门，没有确定归属？”
刘若愚一边记着，一边盘算了一遍，说道：
“还有御药房、御茶房、御酒房、安乐堂、内安乐堂、净乐堂、西山陵坟、猫儿房、牲口房、花房等衙门。”
朱由检微微点头，说道：
“御药房、御茶房、御酒房，由乾清宫管事司房，兼任御用监提督太监。”
“安乐堂、内安乐堂是给宫人治病，归御药房兼管。”
“净乐堂、西山陵坟负责宫人丧葬，归内官监兼管。”
“御药房、御茶房、御酒房相互监督，还有监督御用监、尚膳监、尚衣监职责，凡是送到御前的，都要仔细查验。”
特意留下这三房，直接让身边人掌管。朱由检对自己的安全，可谓慎之又慎。
其它衙门，朱由检让刘若愚调整时具体处理。像猫儿房那样的玩物就归入御用监，牲口房归入御马监，洗帛厂归入尚衣监，园果厂和花房归入尚膳监。不能有一处遗漏，都要确定负责人。
然后就是外差，派遣到宫外的镇守太监、宫门的掌门官等，仍是司礼监负责——
内廷其它衙门管不到的事情，都由司礼监管。
至于宫内的女官，六局的职权早已被交给宦官，只存尚宝四司，朱由检没有改变。
只是以魏忠贤和客氏谋逆的事情，强调宫正司要和都知监一起纠正宫中陋习，像是对食、菜户这样的事情，以后在宫中决不允许。
宫女没有品级的，到了一定年龄就放出宫，另外选人替代。不能让太监和宫女合谋，在宫中盘根错节。
这样一来，内廷衙门就大致理顺了。有司礼监、御马监、都知监、内官监、御用监五监被朱由检重用，尚膳监、尚衣监两监相对重用。
还有司设监、尚宝监、印绶监、神宫监、直殿监五监，仍是原本模样。
增设的内府监朱由检不打算全用宦官，和上林苑监、锦衣卫监、钦天监一样，兼用宫外人员。
内府监负责工业商业财务，上林苑监负责农业土地屯田，锦衣卫监负责情报侍卫，钦天监负责天文历法。
这些监合在一起，并称内廷十六监。细分为宫内十二监、宫外四监。
四司八局虽然仍旧存在，却沦为附属衙门。十二监四司八局并称二十四衙门的旧事，自然不复存在。
确定这些衙门之后，朱由检又正式设置官职，下令道：
“各监设掌印太监一员，负责总掌事务。”
“提督太监一到数员，辅佐和监督掌印太监。”
“各监附属的司局房等衙门，设提督太监或协理、佥书管理，掌管印信独立办公，受所附属的监兼管。”
“太监须有从五品侍直大夫以上散官，协理、佥书只需有郎官散官即可担任。”
说着，他开始任命各监掌印：
“司礼监掌印太监王体乾，仍旧掌管司礼监，兼任东厂提督太监。”
“司礼监秉笔太监、御马监掌印太监高时明，仍旧掌管御马监，监督户共二部收支。”
“司礼监秉笔太监、都知监掌印太监王文政，负责宫内监察，审查内廷人员。”
“司礼监随堂太监、内官监提督太监、掌管内官司刘若愚，负责整理内廷职官，重新任命内官。”
“内官监掌印太监是谁担任？是否能够配合？”
刘若愚赶紧回道：
“内官监掌印李永贞，是逆贤心腹。”
“已列入首逆同谋，被查抄家产。”
朱由检看了他一眼，说道：
“那你就暂掌内官监印信，把内官监的事情担起来。”
“如果能做得好，以后正式升任掌印太监。”
然后继续任命：
“御用监掌印是王体乾兼任，他身上还兼着东厂，御用监就交给别人。”
“司礼监秉笔太监宋晋，兼任御用监掌印太监。”
“司礼监秉笔太监邹义，兼任尚膳监掌印太监。”
“司礼监秉笔太监沈荫，兼任尚衣监掌印太监。”
“其余太监审查，过关之后任命。”
这个任命，让刘若愚心中暗暗叫好，感觉皇帝厉害。
邹义、沈荫、宋晋三人，是魏忠贤之前的东厂提督太监。他们和魏忠贤的关系，不可能会有多好。
其中宋晋执掌东厂最初是魏忠贤、王体乾推荐的，皇帝用他取代王体乾兼任的御用监掌印，王体乾不好说什么。
沈荫是被魏忠贤、王体乾赶走的，把他起复回宫，担任尚衣监这个重要而又不太重要的衙门掌印，是为了督促让王体乾用心办事，却又不过于刺激他，让人以为皇帝要动王体乾——
已经除去魏忠贤，王体乾是绝对不能在这时候动的，否则某些阉党可能会怕得狗急跳墙，发生不测之祸。
而且王文政这个皇帝的心腹，也是王体乾推荐的。皇帝要大用王文政，更不可能动王体乾。
至于尚膳监邹义，他是跟随泰昌皇帝在潜邸最久的，本来应该大用。但是泰昌皇帝只当了一个月皇帝就宾天了，他这个泰昌皇帝的旧人，在当年冬天就辞任闲住。
皇帝应该是觉得邹义可靠，把他召回来掌管尚膳监。
在徐应元突然被处死，涂文辅、王国泰、王永祚等人也不能用的情况下，皇帝用这三个人，可谓最佳选择。
朱由检其实也是无奈，若非徐应元的事情太突然，他不会拖到现在，才开始清理内廷。
这三个前任东厂提督太监他其实都不熟悉，只是看名单划拉出来的，用他们可谓不得已。
朱由检能确定这三人没有附逆，能不能担起责任要看以后表现。
任用这七个主要太监后，清理内廷的事情，开始全面展开。
朱由检需要一个完全受自己掌控的内廷，而且要更加高效，缩减内廷人员。
《明史》：十二监、四司、八局，所谓二十四衙门也。
《酌中志》：
按内府十二监：曰司礼，曰御用，曰内官，曰御马，曰司设，曰尚宝，曰神宫，曰尚膳，曰尚衣，曰印绶，曰直殿，曰都知。
又四司：曰惜薪，曰宝钞，曰钟鼓，曰混堂。
又八局：日兵仗，曰巾帽，曰针工，曰内织染，曰酒醋面，曰司苑，曰浣衣，曰银作，
以上总谓之曰“二十四衙门”也。