锦衣卫调整的事情颇为机密，朱由检还特意下令封嘴，甚至把文书房记录的起居注留了下来，没有把详细内容传给起居编修。
但是拿下阉党五彪这么大的动作，还是让许多人受到震动，知道锦衣卫内部有了大变。
尤其是兵部尚书袁可立，在田尔耕被拿下之后，想要按照惯例推选锦衣卫掌印时，却发现郑士毅不知什么时候成了掌印。
这让袁可立大为气恼，认为皇帝是用中旨任命官员，极大地违反朝堂规矩：
『当年我就能抗中旨，现在就没有那个勇气吗？』
『陛下如今年幼，需要老臣匡正！』
当即在处理兵部事务的常参会议上提出，应该按嘉靖以来的惯例，由兵部推选锦衣卫掌印。
知道袁可立一定会对锦衣卫的事情提出异议，朱由检把话题引向刑部，询问刑部侍郎、署理刑部尚书的李若珪道：
“李卿，你觉得锦衣卫的事情，是该归属兵部，还是归属刑部？”
李若珪抱过年幼时的天启皇帝，因此被天启皇帝称为“金胳膊老李”，在天启年间极其剧烈的党争中，得以保住自身。
他一向信奉的是明哲保身，甚至在天启皇帝驾崩后想过离职，避开朝堂纷争。
听到皇帝发问，秉承着两不得罪的想法，李若珪道：
“锦衣卫是卫所，按照常理是该归属兵部。”
“但是缉拿不法、缉捕盗贼又是刑部事务，由刑部管辖也未尝不可。”
“陛下可问问兵科给事中，要不要代替刑科佥批。”
把事情推到给事中头上，在场的兵科都给事中许可徵属于阉党，还没审核过关，当然不敢违逆皇帝的意思，说道：
“锦衣卫的事情，向来需要刑科佥批。”
“兵科不敢越权。”
这样一来，事情就好玩了。
锦衣卫的人事权在兵部，业务上却又分属刑部，所以锦衣卫的驾帖，一向由刑科佥批。
人事和业务不统一，兵部和刑科都能制约锦衣卫，但又没有完全制约的权力。最终把锦衣卫废了，在万历皇帝怠政后，“狱中至生青草”。
天启年间田尔耕、许显纯等人跟随魏忠贤害人，可以看作是锦衣卫的一次反扑。除了刘侨公开反对魏忠贤之外，锦衣卫其他人大多是默认态度。
这也是朱由检不能重惩五彪的原因，否则他以后命令锦衣卫做事时，那些人只要想到五彪的下场，就会自己退缩。
如今朱由检把事情摆到台面上，兵部和刑科顿时产生争端。早已投靠他的吏部侍郎杨景辰也来插一脚，顺着皇帝的意思道：
“锦衣卫的事情既然归属刑部，应该像其他刑部官员一样，由吏部任命。”
“兵部推选锦衣卫掌印，是侵夺吏部权力。”
这下就更乱了，袁可立想要推选锦衣卫掌印，需要先和吏部争。
朱由检听他们吵吵嚷嚷，又把话题引向户部，询问郭允厚道：
“郭卿以为，锦衣卫的钱粮应该如何拨付？”
“是按兵部管辖的卫所，还是按吏部负责的部门？”
郭允厚知道自己前段时间恶了皇帝，如今虽然原职留任，其实却没有审核过关。
既不敢违逆皇帝的意思，也不敢把文官辛苦夺来的权力让出去，模棱两可地道：
“怎么拨付都行，能省些钱粮更好。”
朱由检闻言击掌，大叫声“好”，向郭允厚道：
“郭卿所言极是，果然在用心理财。”
“朕决定锦衣卫今后改为锦衣卫监，钱粮由内廷拨付，不再经过户部。”
“郭尚书，朕给你减轻了四五十万钱粮负担，九边拖欠的饷银，你要想办法啊！”
郭允厚面色一苦，知道自己还是卷入了争端。
钱粮由内廷拨付，还改称锦衣卫监，这样锦衣卫就和外廷没有什么关系，兵部和吏部还凭什么推选？
但是如果不同意的话，皇帝就要自己拨付锦衣卫钱粮，还要解决九边欠饷，那可更要老命。
所以郭允厚在皇帝的注视下，只能答应这件事，同意锦衣卫改为锦衣卫监，以后归属内廷。
袁可立正在和杨景辰争夺推选权力，没想到皇帝从户部偷家，直接把锦衣卫改属内廷。这下他再也顾不得该由谁推选锦衣卫掌印了，向皇帝道：
“陛下，锦衣卫是卫所，祖制由兵部管辖。”
“还有很多功臣后代，荫袭锦衣卫世职呢！”
“陛下改为内廷衙门，既违反了祖制，也不该这样对待功臣后裔。”
说得朱由检一乐，向袁可立道：
“祖制还由五军都督府掌军旅之事，各领其都司、卫所呢，要不要全部回归祖制？”
“至于功臣后裔世职，他们喜欢称自己‘延世金吾’，朕就虚置一个金吾卫，把他们转为金吾卫世职。”
“以后武官和勋贵的都指挥使、都督加衔，也改为金吾卫都司、金吾卫都督府。”
“这个金吾卫和金吾卫都司、金吾卫都督府，朕以为也该由内廷管辖，以示亲近。”
“众卿以为如何？”
改成金吾卫世职，文官没什么好说的，都觉得比臭名昭著的锦衣卫好听，否则他们也不会自称金吾了。
但是听到皇帝连金吾卫也要归属内廷，袁可立顿时顾不得争夺锦衣卫任命权了，谏言道：
“金吾卫是卫所，即使是虚置，也该归属兵部。”
“陛下将金吾卫归属内廷，世人如何看待？”
一个四辅大臣的加衔，就让所有的大臣欲仙欲死，改变了文官约定俗成的高级官员晋升规则。袁可立可不愿金吾卫这个虚置机构，变成皇帝掌握的武官加衔。
尤其是给文臣的武荫，以后全在金吾卫。如果被皇帝完全掌握，文官面对皇帝就更受制了，这是他不愿看到的。
想着以前的锦衣卫掌印要从指挥中推选，皇帝锦衣卫世职转为金吾卫后，现在能推选的范围很小。即使要回来这个权力，也在皇帝掌握下。袁可立考虑到锦衣卫划归内廷后，会由内廷负责钱粮，九边欠饷又亟需解决，不能再拖下去。所以他最终默认了锦衣卫转入内廷的事实，把抢回金吾卫当成自己的功劳。
搞定了袁可立，其他人更不会反对了。那些大学士和九卿虽然原职留任，外面的弹劾风浪却没降下去，不靠皇帝力保，他们就要滚蛋。
在皇帝丢出金吾卫和自负钱粮这个交待后，他们和袁可立一样，认可了这个事实：
锦衣卫从此成为内廷衙门，钱粮由内廷负责。
金吾卫仍旧归属兵部，钱粮由户部负责。
不过对锦衣卫的制约，袁可立仍未放弃，提出锦衣卫的驾帖，仍旧由刑科佥批：
“锦衣卫事务与刑科职掌相关。凡奉旨提人，必用驾帖，由刑科佥名，然后遵行。”
“锦衣卫即使成为内廷衙门，驾帖也应由刑科佥批。”
《明神宗实录》：
锦衣卫掌卫事都指挥使骆思恭题：臣衙门实与刑科职掌相关。凡奉旨提人必用驾帖。由刑科签名，然后遵行。
天启年间天津巡抚毕自严上疏：从来钦拿官犯，俱须奉有明旨，赍有驾帖，而后从事。
《崇祯长编》：崇祯五年八月：帝命自后驾帖径发锦衣卫，若就近密速拿人，不必概候科签以防轻泄，从提督司房内监之请也。
锦衣卫用驾帖拿人必先佥批的制度，在历史上后来被崇祯皇帝废弃，但仅限于出京拿人。《三垣笔记》作者李清在崇祯朝曾任刑科给事中，记载廷杖仍然需要佥批：
予入刑垣，见一切廷杖拿送并处决，必锦衣卫送驾帖至科，俟签押持去。予初谓故套，及署印，以赴廷推归，见校尉森列，持杖不下，一应杖官已解衣置地。予问何待，答曰：“非科签（佥）驾帖，则不得杖耳。”