调整了都察院后，朱由检没有再继续审查。
毕竟他现在只是提前调查了高级官员和最先审查的大理寺官员，对其他低品级的官员并不怎么了解。
这些人只能交给已经通过审查的官员审查，在审查吏部、科道后，再审查刑部等部门。
这让刑部尚书薛贞等人松了口气，认为暂时逃过了这一关。
不过，这不代表朱由检真的放过他们，尤其是刑部作为三法司之一，必然是最先审查对象。若非朱由检要趁机调整机构，恐怕还要把他们放排在吏部前面。
如今之所以缓一缓，纯粹是朱由检不想撤换那么多官员，避免朝堂混乱。
把都察院调整的事情定下，朱由检准备待李邦华和刘宗周等人上任、把都察院的事情理顺后，再进行下一步调整。
同时，他还下令起复一些官员：
“原礼部右侍郎徐光启、温体仁起复，加承政使衔。”
“孔贞运主持封贡有功，其身上原有的礼部右侍郎加衔，转为承政使加衔。”
“若有侍郎空缺，优先列为候选。”
把这几个人的资格都定下来，让他们抢占先机，先于其他人获得任命。
同时悄悄把六部侍郎的候选人，限定为拥有承政使加衔。
群臣不知道徐光启、温体仁如何落在皇帝眼里，但是加衔的权力就在皇帝手中，他们对这个任命没有办法反对。
对孔贞运则是有些羡慕，认为这个两个月前还是从五品左谕德的小官，真是走运之极。不但顺利完成封贡、获得青史留名的大功，还要出任侍郎，并且简在帝心。
这个际遇，就连杨景辰也很是羡慕，认为孔贞运未来很有可能入阁。但是很快，他就听皇帝提到自己，把自己提升为左侍郎：
“吏部左侍郎空缺，杨景辰由右侍郎转任左侍郎，吏部右侍郎廷推。”
“兵部左侍郎田吉被罢免，右侍郎吕纯如、秦士文还没有经过审查，就先廷推其他人。”
“所有没经过审查的，一律冻结升迁。”
连着说出这番话，群臣顿时都明白了，两个空缺的侍郎要从徐光启、温体仁、孔贞运三个人中推选。虽然皇帝没有指定，却也差不了多远。
袁可立这时说道：
“陛下，如今四方多事，臣以为兵部侍郎，宜从督抚中推选。”
“秦士文为人清正，曾在担任洮岷兵备时节约大笔饷银，被先帝嘉奖给他。”
“在宣府时也多有功绩，陛下不应因为他曾附逆，把这样的人排除在外。”
对此有些惊讶，没想到袁可立会为秦士文说话。
这个人被阉党推出来和袁可立打擂台后，朱由检也曾了解过，知道他确实有些能力，而且受过嘉奖。
如今有袁可立举荐，朱由检顺水推舟道：
“秦士文曾上疏颂美，也是建祠从犯。”
“念在他只是跟随建祠主犯署名，主观附逆倾向不重，朕就定为第七等。”
“革去一切官阶，以洮岷、宣府功劳复职正四品太仆寺少卿，加从三品参政衔，署理太仆寺卿、署理兵部右侍郎。”
“让他好好做事，不要让朕失望！”
举荐的人才得到任用，袁可立心中十分宽慰。觉得皇帝虽然在一些方面另有章法，却能听取谏言，不失为一位明君。
想到还有很多官员需要审查，袁可立又上奏道：
“陛下所说几等情节，还请定下章程，让有司按法定罪。”
朱由检点头称善，向群臣道：
“魏忠贤谋逆未遂，朕也不想对逆案大肆追究，免得大兴刑狱，天下因此不安。”
“但是若不追究，也无法彰显正气，给那些用生命阻止魏忠贤的君子交待。”
“所以朕决定首恶必究、主犯必问、胁从小惩，将逆案人员定为八等。”
听到这个决定，群臣大多松了口气。他们知道自己不可能算是首恶，大多连主犯也算不上，只会受到小惩。
果然，朱由检对胁从人员的处置，一点都不严重：
“第八等是词颂，像张九德那样曾经上疏称颂魏忠贤的，念在其不知魏忠贤谋逆，仅是跟随阉党称颂，革职后允许恢复原职、加衔酌情授予。”
“其他曾经靠称颂、依附阉党获得升迁的，吏部要一一核实，革去冒滥官位。”
“然后视以往功绩，重新任命官职。”
说着，朱由检叮嘱吏部道：
“各部门的官职，应严格按照编制。对有品级的官员重新登记造册，统计官员人数。”
“所有官职宁缺毋滥，宁可让低级官员暂时署理，也不能超出编制。”
“原有的各种正卿少卿、尚书侍郎加衔，这次要一并革去，新设的四辅大臣、承政司、侍御史加衔，要在复职时酌情授予。尽量官职相符，少授予各种加衔。”
“朕不想以后还要计算太仆寺有几个正卿少卿、兵部有多少尚书侍郎。”
对这种拿实际官职当加衔的行为深恶痛绝，朱由检先前整顿加衔体系的原因也在于此。他到现在都不知道兵部有多少尚书，太仆寺会不会突然蹦出个少卿、具体管的是什么。
吏部尚书房壮丽、吏部左侍郎杨景辰躬身受命，朱由检又嘱咐道：
“宁远功、宁锦功、三殿功、藩封功等魏忠贤当政后滥加的功劳，要全部重新核实。”
“不应获得加衔荫袭的，应该在革职时一并削去。”
“前线的武将要慎重，由兵部一起核实功劳。”
“朝堂上的官员全部削去，核实后按功劳大小重新授予。”
这话说得群臣心中一紧，为好不容易获得的加衔荫袭失去而惋惜。
不过想到皇帝先前对张九德等人削去一切官阶，而且还特意点明包括加衔荫袭、散官勋级，他们知道这些魏忠贤滥加的功劳无论如何也保不住，只能默认这个事实。
而且这还不止，朱由检为了弘扬正气，又褒扬袁可立道：
“袁卿三次疏辞三殿功，堪称一股清流。”
“加衔由从二品承政大臣提升为正二品议政大臣，下旨予以表彰！”
这话说得群臣更是面上无光，袁可立激动谢恩。
皇帝的这个褒扬，对他来说是极大荣誉，足以在死后写入传记。
不枉他这么大年纪出山，为新皇帝效力。
《崇祯长编》崇祯二年四月：
（庚子），吏部尚书王永光等疏言：
台臣吴甡有朝廷除奸一疏，臣等议谓处逆案一原议计前处分，忽于正月四日，皇上发下建祠称颂诸疏，命阁臣韩爌等院臣曹于忭同臣在阁详阅。又于二月初九日再奉圣谕，召刑部尚书乔允升同臣等依律参处定案，其各逆罪状依律议拟，列款疏请，见今奉旨处分，不敢再赘。外至疏内加衔、加荫、滥被恩施，殿工边工，尚需严核。最可恨者，先帝当弥留之日，多官侥横拜之恩。
天启七年八月二十一日，大工谢恩并宁锦叙捷、卤簿告成、三籓之国等项，滥冲冒冲，中有现在红本处分先后裁汰及未经处分，秩荫如故，并察处听降，曾蒙加衔者，一并列名。其升迁埋没，捷索未尽者，无论已辞未辞、已汰未汰者，臣等仰体皇上澄清之意尽行削除，各立成案，永杜欺蒙，庶彻底肃清，钻营无路矣。
卤簿加级削去者四十三人……
宁锦加衔并荫袭削去者七十三人……
殿工加衔并荫袭削去者二百九十八人……
藩封叙录削去者六十一人……