心中忧虑，朱由检却只能按流程把奏疏传给内阁，看看四位大学士怎么处置。同时为了表示自己态度，他在奏疏上用御笔写了个“急”字贴上，让内阁加急办理。
然后，他向徐应元道：
“让锦衣卫派出三个调查队伍，各自单独调查陕西情况。”
“要有具体的流民、盗贼数据，以及钱粮、人口等等。”
“哪一队调查得好，朕会给哪一队重赏，让他们用心调查，结果直传御前。”
又担心这样做结果出得太慢，朱由检道：
“统计京中陕西出身、以及天启以来曾在陕西任职的官员，命他们各写一份奏疏。”
“朕要知道陕西现在到底是什么样，是不是民不聊生？”
徐应元闻言应下，朱由检实在不放心，又命他搜集陕西当前的官员名单、履历，以及卫所驻军、藩王宗室数量等等，做到心中有数。
见朱由检对陕西如此重视，徐应元心中惊讶。决定把交好的锦衣卫派去陕西，以便在将来得到皇帝赏识。
继续观看奏疏，朱由检又看到了山东巡抚李精白上报山东水灾，心中对大明朝如今的形势，更加忧心不已：
陕西旱，山东涝，小冰期的气候，实在有些反常。
一定要想办法，适应气候变化。
每次小冰期的到来，对于人类都是一次劫难。尤其是向小冰期过渡的过程中，气候忽冷忽热、水旱灾害频发，根本没有定数，对农业破坏极大。
朱由检知道小冰期的到来无法改变，只能希望这个变化过程尽快过去。然后让大明的人们适应变冷后的气候，开展农业生产。
兴修水利、防治水旱，这些传统做法都要抓紧，提高应对自然灾害的能力。
大航海时代带来的美洲作物，也要加紧推广。这些作物有的产量更高、有的能种植在以前用不上的荒地上，能提高粮食产量。
番薯、土豆、玉米、花生等作物已经开始传入中国，要让海商和沿海官员多加搜集，尽快培育出适合中国的良种，在各地推广。
这件事需要尽快办，最适合的人选，应该是写出《农政全书》的徐光启。
想到这个名字，朱由检询问徐应元道：
“徐光启现居何职？”
“现在在做什么？”
徐应元对这个同姓高官还算有点印象，回道：
“徐光启现在落职闲住，听人说是在家乡修书。”
“落职之前，担任礼部右侍郎。”
没想到徐光启官职这么高，朱由检有些惊讶，觉得有点麻烦。
如果徐光启官职不高还好说，把他恢复原职也没多少人在意。但是礼部右侍郎已经有资格担任大学士，贸然把徐光启恢复原职，可能带来不必要的猜想。朝中可能会有人觉得他发出信号，想要把内阁动一动。
虽然他有调整内阁的想法，却是在扳倒阉党后。
现在刚刚登极，不宜惹出风波。
斟酌再三，朱由检向徐应元道：
“朕听说徐光启和西洋人交好，在数学上有独到之处。”
“如今气候反常，需要修订历法指导农时。”
“你派人去问问徐光启，让他说说想法。”
“还有，让他把修的书献上来，朕要好好看看。”
徐应元闻言应下，知道徐光启已简在帝心。想着要如何交好对方，看看能不能引为奥援。一位有资格入阁的大臣，对于现在的他来说，还是弥足珍贵的。
继续观看奏疏，朱由检又看到督饷、旌表烈妇等事，照例发给内阁，让内阁票拟。
不过，对于票拟，朱由检也提出自己意见：
“内阁票拟应该至少有两条，其中一条由首辅拟定或同意。”
“朕要聆听多方意见，不能偏听偏信。”
为自己加强决策权找了个理由，朱由检让徐应元写下谕令，自己御笔签押。防止他传口谕添油加醋，滥用自己名号。
然后，朱由检又觉得不能对百官太过苛刻，要让他们受到自己的恩德，为自己说好话，又吩咐道：
“百官辅佐朕登极有功，也应按例嘉奖。”
“让内阁尽快拟旨，嘉奖有关功臣。”
处理完这些，朱由检感觉身体实在疲惫，匆匆安排了其余事情后，很快沉沉睡去。
只是，他能睡下，其他人可睡不下。阉党众人在知道刘诏领兵退去后，一些人已经隐隐察觉，魏忠贤大势已去。
这种政变的事情，要么不做要么做绝，绝无虎头蛇尾、半途而废的道理。否则秋后算账，就是谋逆未遂，免不了大狱里走一遭，落个身死名裂。
一些机警的人，已经开始考虑退路。向徐应元、王国泰等信王潜邸旧人打探新皇帝喜好，甚至询问侯保山。
内阁四位大学士，此时也知道了这个消息。四人相视苦笑，都觉得暗藏危机。
虽然他们没参与谋逆，但是作为大学士，朝中发生这么大的事，他们一定脱不了干系。尤其是四人和阉党关系匪浅，来日阉党倒台，少不了被赶下去。
不过要说他们有多怕，却也不见得。毕竟他们确实没参与谋逆，而且在辅佐新皇登极上还有功劳。新皇帝即使再生气，也不会把他们怎么样，最多开革回乡，仍有“故相”待遇。
待到奏疏送来，徐应元传来谕令。四人心中大安，觉得更是放心：
皇帝让他们拟旨嘉奖功臣，可见是把登极功劳记在心上的。
来日纵然被牵连，也不会有什么大问题。
说不定只是小惩大诫，继续担任大学士。
怀着这个想法，四位大学士也积极起来，觉得要用心办事，让皇帝觉得自己可用。
如此一来，他们对朱由检改动票拟方式，便不敢轻易反对。尤其是对施凤来、张瑞图、李国普来说，以前主票拟权就在首辅手里，如今除了首辅的票拟外，他们同样能独立票拟。这种加强他们权力的举动，他们自然不会反对。
而对黄立极来说，朱由检这种改动虽然让其他阁臣获得了独立票拟权力，却又明确规定了首辅对每一封奏疏都必须做出票拟，可以说是在事实上承认了首辅权力。这对首辅来说，又增强了权威。
所以在思虑得失之后，黄立极最终决定默认。毕竟他没有想过专断票拟，也没有那个威望和能力。甚至还安慰自己：
相比魏忠贤随便派几个小太监让阁臣改票拟，新皇帝的做法柔和多了。几条票拟同时呈上去，最终的旨意结合各方意见有改动，谁也说不出话来。对于阁臣来说，还避免了被小太监羞辱。
就这样，朱由检对内阁的第一次试探，波澜不惊过去。
《明史》：至仁宗而后，诸大学士历晋尚书、保、傅，品位尊崇，地居近密，而纶言批答，裁决机宜，悉由票拟，阁权之重偃然汉、唐宰辅，特不居丞相名耳。诸辅之中，尤以首揆为重。