费尔干纳盆地是群山环绕的一个内陆谷地，这里山川秀美，气候宜人，既无洪水猛兽，也无恶病流行，加上又是丝绸之路的重要通道。来自中亚的各民族一旦进入此地，大部分就不愿意继续迁移了。
因此盆地内的人口虽然以乌兹别克人为主体，但这里还生活着上百个少数民族，人口组成可谓是十分之复杂。而封闭的盆地环境，又使得这里的人们和盆地之外的人群有着极为明显的隔阂。
这种隔阂不仅仅存在于安集延人同叶尔羌人之间，同样也存在于费尔干纳人同布哈拉汗国其他地区的人群之间。可以说，在叶尔羌汗国入侵费尔干纳盆地之前，盆地内的居民对于布哈拉的忠诚就已经相当淡薄了。
作为下一任布哈拉汗的纳迪尔.穆罕穆德，在第一次进入盆地时并没有展现出自己的仁慈，相反倒是在这些原本就同布哈拉较为疏远的民众面前，他表现出了令这些民众失望的冷漠和无情。
当然在纳迪尔.穆罕穆德看来，这原本就是费尔干纳人为了汗国和保护自己家园应当服出的代价，就如同他治理下的巴尔赫人为了抵挡波斯人的入侵而必须付出的代价一般。
并且因为布哈拉城那些渐渐团结起来反对自己的政敌，还有身体日渐衰弱的布哈拉汗，都不允许纳迪尔.穆罕穆德在盆地内多加逗留。他需要一次干净利落的胜利来堵住政敌们的嘴，然后尽快返回布哈拉稳定朝局，好顺利接任汗位。
然而纳迪尔.穆罕穆德对于费尔干纳人苦痛的漠视，使得费尔干纳人迅速的觉醒了。在他们看来，不管是联军这边，还是布哈拉军这边，都不是什么好东西。
但如果非要让他们做出一个选择的话，他们倒是宁可选择联军这边。起码联军这边还想着今后要统治这里，因此只要费尔干纳人不违反他们的命令，人身的基本安全还是能够得到保证的。
而将自己当成了救世主的布哈拉军，压根就没想过在费尔干纳盆地长期驻扎下去，他们只想着尽快完成自己的任务，让那些费尔干纳人把积蓄都交出来，免得自家的兄弟挨饿，或者翻越群山去运输粮食。因此只要有一个农户隐瞒了一小袋口粮，都会被施以严刑拷打，以震慑村子里的其他人。
再加上，明军军官已经对联军部队进行了有效的整顿，从费尔干纳盆地各城劫掠到的物资，也足够联军的日常供应。因此联军的军纪比起私军占据三分之一以上的布哈拉军要好的多，在联军的军营附近，起码还有当地人摆摊提供饮食，但是在布哈拉军的军营附近，连条狗都看不到。
当然，随着这种军营附近产生的商业活动，大明的纸币也正快速的在盆地内流通起来，这位为大明纸币向中亚地区的渗透，算是打了一个前站。
费尔干纳人对于纳迪尔.穆罕穆德率领的汗**队的失望，使得联军这边开始对布哈拉军的行动越来越了如指掌，这为联军在路途上阻击布哈拉军创造了机会。
而布哈拉援军对收复地区民众实施的甄别和强行服役等政策，更是使得原本期待援军来解放自己的沦陷区百姓，转而开始协助敌人反抗本国的援军了。
某位主动协助联军防守的那木干城居民对联军士兵好奇是这么回答的：“是的，我依然痛恨你们，但是我的家人也需要活下去，被一个强盗打劫一次，总好过被两个强盗打劫两次…”
普通民众都如此惧怕被布哈拉军解放，那就更不必提投降联军的安集延人了。
阿尔斯兰率领的喀尔喀蒙古人虽然来自苦寒的漠北，但是自从被大明接纳之后就获得了较为充足物资的补给，加上阿尔斯兰击破藏巴汗王城时从王城的宝库内获得了大量的珍宝，因此阿尔斯兰手下的蒙古人要比叶尔羌人、吉尔吉斯人阔绰的多，加上朱由检在这只军队中安插的大量明军军官，使得这只军队的军纪差不多可以和大明的新式陆军比肩了。
安集延伯克向阿尔斯兰投降的选择可谓正确无比，有钱的喀尔喀蒙古人在获得了安集延伯克筹集到的一笔赎城费后，就失去了洗劫这座城市的兴趣。
为了防止军纪较差的吉尔吉斯人在城内抢劫，阿尔斯兰还强令吉尔吉斯人驻扎在城外，并命令自己的参谋长胡光翰建立了一支宪兵队，以维持城内的军纪。
因此安集延人投降之后的生活还算过的不错，当他们听到纳迪尔.穆罕穆德对于为联军服务的人员处置之后，顿时意识到要是让纳迪尔.穆罕穆德收复了安集延城，估计城内就不会剩下几个活人了。
出于对纳迪尔.穆罕穆德率领的本国大军的恐惧，安集延人主动找上了阿尔斯兰，表示愿意为抵抗布哈拉军尽一份力。
正是在纳迪尔.穆罕穆德的这只军队帮助下，联军在同仇敌忾的安集延人和费尔干纳盆地西部的其他居民的帮助下，硬生生的从一个入侵者变成了本土保卫者。
而失去了本地人的协助之后，布哈拉军在费尔干纳盆地的进军，和在外国行军基本没有什么区别。甚至于连浩罕人现在都不愿意和这些外来的布哈拉军走在一起了，这使得大军稍稍偏离纳林河附近的大道，就会受到当地人组织起来的叛军袭击，甚至有些干脆就是当地人作为向导的联军小股部队。
从浩罕向安集延前进的道路上，布哈拉军队举步维艰，频繁的遇袭，更是让布哈拉军开始清除军队驻地附近三十里之内的居住村落，而这也进一步加深了本地人对于布哈拉军的反抗。
到了5月底，布哈拉军终于抵达了安集延城下。但是为了保护身后通往浩罕城的交通，纳迪尔.穆罕穆德不得不将阴奉阳违的浩罕人和一部分兵力丢在了身后，包围安集延城的兵力不过只有3万人而已。
而此时联军安置在安集延城内的军队就高达一万五千人，驻扎在奥什及各处要道的部队也有将近二万人。与其说是纳迪尔.穆罕穆德包围了安集延城，倒不如说是联军将城外的空地让给了布哈拉军，预备在此地将布哈拉军拖疲拖垮，然后一口气吃掉这只有生力量。
阿尔斯兰的参谋军官为联军拟定的作战计划相当成功，纳迪尔.穆罕穆德轻率而冲动的性格，使得他将自己和自己的军队轻易的送入了险地。
虽然纳迪尔.穆罕穆德和波斯人打了多年的仗，但他确实没有遇到过，在本国的土地上，本国居民居然会去帮助入侵者反抗汗国的大军。
仅仅是这一条件的变化，就使得联军可以释放出所有的兵力，而他却要把自己将近四分之一的兵力分散在身后的交通要点上，从而让两军的力量对比发生了转变。
想要围住一座城市，起码也要三倍以上的兵力。而想要强攻一座城市，更是非五倍以上的兵力不可。这都是冷兵器时代战争中总结出来的战争规律，除了少数战争天才指挥的作战外，尚未有普通军队能够打破这一规律。
纳迪尔.穆罕穆德显然不是一个天才型的将领，而联军驻扎在城外军队的牵制，也令他无法全神贯注的攻打安集延城。
因此在安集延城外蹉跎了一个多月后，布哈拉军依然劳而无功，而这只军队的军粮和士气倒是跌到了底部。就算纳迪尔.穆罕穆德再怎么逞强，此时也知道军队无法继续支持下去了，再在安集延城下逗留不去，恐怕将会酿成第二次安集延战败。
然而纳迪尔.穆罕穆德的运气真是不够好，联军在城外的军队此时的确还不足以将士气低落的布哈拉军留下，毕竟吉尔吉斯人和叶尔羌人的装备和战斗意志还是比不上布哈拉军的。
但是，就在纳迪尔.穆罕穆德预备撤退之前，固始汗带着五千和硕特部的精锐骑兵赶到了。经过了一年多的准备，固始汗的部下们不仅获得了大量的明军装备，还得到了明军军官的重新编练组织，这使得原本战力就不错的固始汗嫡系，战斗力更是上了一层楼。
崇祯十二年正月，卫拉特诸部首领在明国大臣和喀尔喀蒙古诸王的见证下，终于完成了一部用于解决卫拉特部内部争议的法典。
和硕特汗鄂齐尔图汗终于得到了诸部首领的承认，成为了卫拉特之汗，巴图尔珲台吉成为了副汗，卫拉特诸部的内部矛盾终于算是缓和了下来，初步成为了一个地方性的政权。
驻乌鲁木齐大臣杨嗣昌的抵达，也让南疆督军樊一蘅终于可以放下北疆的事务，带着固始汗和孟乔芳前往安集延，预备经略布哈拉汗国的战事。
孟乔芳带着一个骑兵师和一个炮兵团，约3千人。而固始汗则动员了近3万人，其中一万战士，一万半游牧骑兵，还有一万妇孺组织的辎重部队。显然固始汗此次就是打算去为自己占地盘的。
四月初，这只大军从库尔勒出发，花了两个多月的时间后，固始汗率领的前锋就已经翻越了费尔干纳山，进入了费尔干纳盆地之内。
固始汗和驻守于贾拉拉巴德的吉尔吉斯人取得了联系后，便了解了当下盆地内的战局状况。他立刻意识到这是击溃布哈拉军的大好机会，而只要击溃了这只大军，一直到塔什干之前，他的部队都不会遇到什么抵抗了。
固始汗自然不会再给安集延城内的阿尔斯兰立功的机会，否则他如何能够开口要求盆地西部的浩罕地区应当归于自己。于是在联络了奥什的军队之后，固始汗强行接过了城外军队的指挥权，仰仗明军参谋部的整顿，联军的指挥权其实一直掌握在明军手中。
固始汗此时同样隶属于明军序列，加上有着樊一蘅的授权，在阿尔斯兰不在场的状况下，他很轻松的就得到了城外部队的指挥权力。
经过了部署和调整之后，固始汗以硕特部的精锐为主导，从城北向城东南打了围城的布哈拉军一个措手不及。而城内的阿尔斯兰见到城外布哈拉军陷入混乱之后，便亲自率军从城南和城东两个方向出兵，把围城的布哈拉军截为三段，于是城外的布哈拉军在这样的内外夹击下彻底失去了组织。