Chapter1 身为假酒压力大
“逃掉了吗，Margaux（玛尔戈）那家伙……”
“是的，大哥。手铐没有丝毫被打开过的迹象，但就是这么逃脱了，和当初的雪莉一模一样。”
“是吗……雪莉啊……”
“那，大哥，接下来要怎么办？”
一身黑西装、头戴小黑帽、鼻梁上架着副黑色墨镜的矮胖男人问向前面站着的长发男人。
“把她的名字加到组织的追杀名单上吧。”
……
玛尔戈觉得，自己人生的前二十二年简直完美得不得了，就是一路开挂走上人生巅峰的典范。
从小成绩全优，运动全能，十六岁的时候就跳级念完了高中，然后进入了被称为“意大利将军摇篮”的里窝那海军军官学校。四年军校生活结束后，顺利被授予少尉军衔然后进入了大名鼎鼎的comsubin——意大利海军特种潜水奇袭部队，出色的表现让她很快便成为了这支特种部队的王牌作战员。
然而两年前，因为一些原因……她被扒掉了军衔并且开除出了部队。
就在她人生突如其来地陷入低谷的时候，意大利军事安全情报局（SIS.MI）却是把她招了去……当时虽然心情很低落但她觉得，嗯，好像还不是很糟糕，好歹没失业，在意大利如今这种失业率居高不下的情况下也算是幸福了。
但是后来，她发现……麻蛋，还不如让她加入失业大军行列一个个人才招聘市场来回跑呢！SIS.MI给她开再高的工资都没得商量！
按照SIS.MI的安排，她潜入了一个老巢貌似在日本的神秘组织进行卧底调查。
该组织——
名称：未知
首领：未知
核心基地位置：未知
成员数量：未知……
就这么让她进入了一个情报少得可怜的“N不知”组织！自家领导完全一副挥着小手绢“啊，同志，大胆地探索去吧！一切就都交给你了”的欠揍样……超级火大啊……
不过，也许是她那前二十二年开挂人生的外挂还有余额的缘故，在组织里混了没多久后便成为了组织核心干部琴酒的直属下属，原因是——那段时间组织内部在大规模清除卧底叛徒，以至于众多人员纷纷落马，琴酒老大麾下的尤其多，一时间造成了人手紧缺的现象，她就趁着这个机遇成功上位了。
……话说，琴酒大哥你也是牛，天天浸泡在一帮子的各国间谍卧底组成的大家庭里还能以一己之力扛起这个组织，虽然作为敌人但她都止不住要为其鼓掌了。
然而，她无论表现多么出色，都始终没能上位成琴酒的第一助手，因为那个位置一直都被一个人把控着——伏特加。
她就不明白了，老伏这么一个成事不足败事有余的战五渣有什么好的，非要选这号人物天天带在身边。不过后来她也理解了，因为……哪个国家的脑残情报组织会派这种家伙来当卧底啊，至少安全系数绝对有保障。
不过，要是哪天老伏把他那与自己身材比例严重不相配的小黑帽一摘，来了句“大哥，其实我也是卧底”的话……噫，扎心了。
至于她跟着琴酒的那段时间，主要执行的任务嘛，就是杀卧底、杀卧底、杀卧底、以及……杀叛徒。
虽说她自己也是瓶假酒吧，但如果可以的话她真的很想问琴酒一句——你，心里，苦吗？
当然，这句话她大概是永远也没有机会问出口了，因为……不久前，因为某些原因，她这瓶假酒也被发现了。
被审问了半天没有吐出什么有用信息后，琴酒也失去了耐心，直接喂给了她一颗毒药，就是之前叛逃组织的雪莉发明的那种杀人于无形的药物——APTX4869。
原以为经历了二十二的挂逼人生和两年的苦逼人生后，她就要这么交待在这里了，没想到上帝虽然把门和窗都给她关上了……却给她凿了个狗洞。
……
东京，米花町二丁目，阿笠博士家中——
咳咳，BGM响起！
我是高中生侦探工藤新一，当我跟青梅竹马的同学毛利兰一起到游乐园游玩时，却目击了黑暗组织的交易现场。当时我只顾着偷看交易，却忽略了从背后而来的另一个同伙。我被那个人强灌了毒药，等我醒来时……
我的身体已经缩小了！要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，还会危害到我周遭的亲人。在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份。当小兰问及我的名字时，情急之下，我化名为江户川柯南。为了搜集那些家伙的情报，于是便住进了父亲以侦探为业的小兰中。
但是这位叔叔却是个糊涂大侦探，看不下去的我于是便装成叔叔，利用我天生的推理能力解决了许多的悬疑案件。而叔叔也拜我所赐成了名号越来越响的大侦探。而我现在却变回了一个小学生，还被迫跟同班同学的步美、元太与光彦组成少年侦探团。
半个月前的一个雨夜，阿笠博士家门口突然出现了一个穿着过大不合身衣服昏迷着的国中生少女，就像当初的灰原一样。
当少女醒来后进行询问，并联系在组织潜伏着的水无怜奈进行确认后才得知，这个少女也是APTX4869的受害者。她是意大利军事安全情报局（SIS.MI）派到黑衣组织的卧底，在组织中代号为“玛尔戈（Margaux）”。因为一些原因被组织发现了真实身份，因此被喂下了毒药APTX4869以除掉。没想到，没有死亡反而身体缩小回十年前的样子这种极小概率的事情在她身上也发生了。
而她之所以会找到阿笠博士这里，就要牵扯到不久前在水族馆发生的库拉索事件了。
在那件事情之前的一天，玛尔戈曾与库拉索刚刚搭档完成一项任务，而库拉索在窃取间谍资料的当晚给朗姆发送短信时，选择接收人的时候不小心一并点上了朗姆下面的那个名字，最近与她联系频繁的玛尔戈，因此玛尔戈也收到了那条没有全部编辑完的短信。
第二天，当我们都围绕着库拉索对这件事情进行探查的时候，玛尔戈却是根据线索寻找库拉索的手机，最终找到了博士家中，并在暗中发现了博士修好手机后将那条短信编辑为“之前注意到的波本和基尔没有问题”，由此得知了波本和基尔也同为别的机构潜进组织的卧底。并且，随后她发现了与组织叛逃成员雪莉极为相似的灰原哀，因此心生疑惑。不过这一切，她都并没有上报给组织。
直到被喂下APTX4869发现身体缩小后，联想到之前见到的灰原，玛尔戈便明白了是怎么一回事，随即决定和当初的灰原一样来到阿笠博士这里寻求帮助。
身体虽变小，但头脑一样灵活，无所不知的名侦探，真相永远只有一个，这就是名侦——
咳咳，BGM，停！
摆放着早餐的餐桌上，上学前特意拐来阿笠博士家一趟的柯南看着对面坐着的国中生模样的混血少女。
说真的，他现在并不能轻易判断这个人究竟是敌是友，但有一点他是可以肯定的……
“嗯？早餐没有意大利面吗？”少女耷拉着一双死鱼眼，对着餐盘失望地叹了口气。
他可以肯定的是……她是个笨蛋。
“哪有日本人早餐会吃意大利面啊！”
……