同日，朱允炆以筹措钱粮为由，在直隶松江（上海）、广东广州、福建泉州、浙江宁波、大连金州和山东登州设置市舶司，设提举一人，正五品，副提举三人，正六品，直属户部，负责点检商品、征收税款。另设巡检若干，正六品，负责查办走私和预防倭寇袭击。最后在市舶司附近增设水师巡逻。
为了海上贸易的安全，朱允炆提高了水师的待遇，命水师出海巡航，打击倭寇，重赏杀倭战功。为方便责任，在全国设立六大水师，分别为辽东水师（驻大连）、山东水师（驻登州）、长江水师（驻京师）、福建水师（驻福州）、浙江水师（驻定海）、广东水师（驻黄埔），每个水师都有其巡逻管辖范围，如果辖区内出现任何问题，指挥官必须承担责任。
市舶司筹办由户部侍郎夏元吉负责，年底前要完工，建文二年正式启动。水师之事由都督同知朱信、宣信负责分拆、部署，最低目的是保证新设立的市舶司的安全，当然也要保证京师的安全，半年之内完成，逾期严惩。
最后朱允炆下令向琉球派遣常驻使节，派遣水师战船二十艘和两千士兵保护使节，首任使节为原靖海侯吴忠。吴忠之父为开国二十四将之一的吴祯，吴祯精通海战，曾督理海运，率军远赴琉球，剿灭倭寇，于洪武十二年病逝，受追封海国公。当时吴忠袭爵靖海侯，可惜在洪武二十三年，吴祯被认为是胡党，吴忠也被夺爵免职。
当时的吴忠任水师右卫同知，免职后一直未获启用。年初朱允炆命令择优录用开国功臣后人时，吴忠被任命为水师左卫千户。在考虑琉球使节时，齐泰推荐了吴忠。
朱允炆在乾清宫召见了吴忠，经过考察，发现吴忠今年四十岁，虽然年岁大了些，但对海况非常了解，最让朱允炆满意的是，吴忠了解琉球周围的海况。朱允炆拿来纸笔，给他介绍了自己的战略构想，控制琉球，遏制倭寇南下，时机合适时，控制日本列岛，彻底绝灭倭寇。
吴忠看到朱允炆画的大明东部的海图，从倭国、朝鲜到东南亚，不由得目瞪口呆，心中暗想：难道是我赋闲太久了？大明的海图勘测进步到这种程度了？皇上说的好些我都不知道，不过既然皇上喜欢水师，那就有我的用武之地了。
最后朱允炆询问吴忠是否愿意做驻琉球的使节，吴忠却有些犹豫，因为他老母身体不好，琉球往返一趟，需半年之久，他有些担心老母的身体。朱允炆没有勉强他，让其自己决定。不过朱允炆答应其子可入国子监或武学，并派御医为其老母诊治身体。最后朱允炆暗示他，如果他将来立下大功，可以重新封为靖海侯，这一点似乎震动了吴忠，不过他还是要回家与老母商议一下。
次日，吴忠被老母骂了一通后，就任驻琉球使节，朱允炆允许他挑选合适的人手、船只和武器，一切为了遏制倭寇。吴忠领命而去。
为增加收入，朱允炆重开市舶司；为了市舶司的安全，朱允文重组水师；为打击倭寇，朱允炆派人驻军琉球。这些在朝廷中引起了一些反对之声，可是朱允炆置若罔闻。
为促进民间贸易，朱允炆下旨允许民间造船，只是限制了规格；同时开放四轮马车的限制，货车马匹数量没有限制，庶民最多可以乘坐四马大车；还下旨全国州县，修建水泥路，并号召富商捐助，可在路边刻碑留名；还开放民间采矿、炼铁、炼钢的限制等等。
市舶司设立之后，由于交易规模很大，涉及大量银两交易，而携带大量银两既不方便也不安全，所以交通银行获得了大发展，商人往往在出发时，就在当地的交通银行存入白银，携带银票赶往目的地，到达之后取出白银进行交易；久而久之，市舶司内部慢慢习惯了用银票交易，而银票的使用随着市舶司的繁荣也推广到各地。各地也慢慢出现了类似的银行，只不过其规模较小，信任度不高，后来这些小银行发现不需要自己发行银票，自己做个中间商赚差价即可，方法就是收到白银，付给客户交通银行的银票，然后再将银两存入交通银行，换回银票。这样以来，交通银行的银票的使用范围也越来越广。
颁布了这些旨意之后，朱允炆就只能等待这些措施慢慢发芽了，他已经慢慢习惯了一件事情要几个月、甚至几年才有回应的方式，后世的信息社会在其脑海中渐渐远去了。
这天，朱允炆召来了王度，递过去一份奏折，道：“子中，代王要入京了，该如何处理才好？”
王度拿过奏折看了看，笑道：“皇上，这是好事情啊，代王是第一个主动要求内迁的藩王，有表率作用啊，皇上一定要慎重处理，这样也便于安抚其他藩王。”
朱允炆往椅子上靠了靠，揉了揉额头，想了一会儿，道：“但朕总觉的有些不对劲，代王怎么会突然要求内迁，而且还以惧怕燕逆的名义入京，如今燕逆不可能进攻山西，那么他在怕什么呢？”
“还有这个，魏国公徐辉祖也赞成代王内迁，他们到底在搞什么啊，难道是徐辉祖威胁他们了？”
王度低头想了想，再抬头时，有些欲言又止，道：“皇上，臣以为此事按照魏国公的意思办就可以了。”
“你是说......”朱允炆突然意识到了，良久才道：“朕明白了，朕明白了，连徐辉祖都和朕玩起了心机。”
“皇上，水至清则无鱼，人至察则无徒，如今燕逆谋反，其下场可想而知，王妃是魏国公的大姐，他心里矛盾是人之常情，不可强求；而代王妃是魏国公的二妹，代王虽有反意，但没造成什么危害，迁徙封地也足够了。”
“况且皇上推崇唐律，唐律对谋反而不为害者，首犯处死，妻妾、父子流放三千里，代王作为宗亲，罪减一等，将其改封，也可以体现皇上的仁慈。”
“最后，如果代王被处置，魏国公也会不自安，恐怕会发生变故，如此将得不偿失。臣以为魏国公爵位已极，只能赏以财帛，法外施恩代王，也未尝不可。”
朱允炆楞了一下，才发现自己竟然对代王、徐辉祖起了杀心，这可不是好现象，难道是做皇帝久了吗？想到这里，朱允炆点头道：“子中，你说的很对，朕知道怎么做了。”
代王派出的卫士并没有追上王柏涛和韩凤平，他们二人离开大同之后不久，就离开了队伍，往怀来投陈瑄去了。而陈瑄知道徐辉祖进入大同之后，也坚定了攻取八达岭的决心，所以在大宁叛军的配合下，一夜之间攻下八达岭关隘，给冯胜致命一击。
代王夫妇非常惶恐，最后在徐辉祖的建议下，决定学谷王一样，离开大同，回返京师，以示清白，只是一路上诚惶诚恐，不知皇上会如何对待他们......
王度回到家里，直接进了书房，屏退从人后，从书架上最下面抽出一个信封，信封上没有任何标记和文字，王度将书信抽出来看了一眼，苦笑一声，将书信装入信封，扔到火盆里。看着信封在火盆中化为灰烬，烟雾袅袅的升到屋顶，王度站起来朝皇宫的方向一拱手，低声道：“皇上，臣并非不忠，但此事如此处理，才是最佳方案！”声音越来越低，渐至低不可闻......