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怎么办？皇帝和郑贵妃商量，还是决定采取拖延的办法。最后神宗皇帝宣布，朱常落、朱常洵和其他皇儿都是他的骨血，他无意于“废长立幼”，但是他不能接受臣下的要挟，因为正宫娘娘王皇后还具有生育能力。他要求廷臣在一年之内不再以立储一事打扰他，让他平平静静的生活，他可以在1592年（第二年）册立常洛为太子。皇帝已经妥协了，众臣们不再闹了，各位大学士才回到文渊阁继续办公。
在这一年里，群臣遵照万历的意见不再以立储相催促，也不在上折子，大家都不再讨论这件事，但是朝廷的气氛却让人们感到几分沉重。时间一长，就开始有人怀疑申时行为皇帝所利诱，而在运用他的声望引导京官，为皇帝的偷梁换柱争取时间，是缓兵之计。申时行在为皇帝工作使他们拥护常洵做太子。按照申时行的性格极有可能，想当初，他为了保住自己的位置竭力讨好皇帝，为皇帝修建陵寝奔走卖命，为了保住自己的官职，竟然不管亲家的感受，也不替亲家说半句好话，为皇命是从，现在皇帝的一年之约又未见神宗的亲言，只不过是申时行一人传达，所以难免会引起大臣们的猜测。神宗皇帝也在有意无意的推波助澜，对申时行又进行了多次封赏，规格之高都是史无前列的。1591年春天，万历打算授予申时行为太师，这是文官的最高职衔，即使是张居正，也只是在临死前才得到了这样的荣誉。申时行哪敢冒天下之大不韪，坚决辞谢，他知道爬得越高摔得越重，他不想学张居正做张居正第二。万历又提议赐给申时行以伯爵的俸禄，申时行再一次极其惶恐地声称他没有功德可以接受这样的恩赐，这不是他不想要这些实实在在的荣耀和地位，这对于一个是名誉和地位，视高官厚禄为生命的人来说是相当具有诱惑力的，但是申时行还没有这个胆量，实在没有这个勇气去接受这些梦寐以求的东西。以上的提议虽然都没有成为事实，但已经使申时行感到窘迫，在他的身边开始危机重重，嫉妒之火已经燃烧。在朝廷的威望江河日下之时，皇帝的这些举动，给他执行皇帝和百官的联络职务增添了许多意想不到的困难，他又成为舆论攻击的对象。那一年的阳历九月，福建佥事李琯参劾首辅，说申时行主持的大峪山陵寝工程出了问题，按照他的情报，地基内已有水涌出。这位远在数千里外的地方官，不惜冒着丢掉前程的危险来参劾首辅，其目的不外乎公开警告申时行：你虽然深得皇帝的信任，但是文官集团仍然有足够的力量动摇你的地位，如果你不对全体文官负责的话，你就没有好果子吃。
同年十月，工部的一位官员因为皇帝允诺的册立太子的期限在即，立储大典的各项开销理应由他负责筹备，他就编造预算，呈请皇帝批准。然而，神宗皇帝的朱批使全体文官为之瞠目咋舌。
朱批说，他早已声明不准臣下在一年之内催促他立储，工部官员借编造预算为名而行催促之实，违反了他的命令，所以要把立储延后。这是一种无赖行径，欲加之罪何患无辞，作为皇帝拿着不是当理说，官员们闻之十分愤怒，一国之君竟如此的无赖。这种故意的节外生枝不禁使群臣深感忧虑，人君如此缺乏诚意，他将用什么来维持皇帝的威信，统治国家?诚信是一个人的立身之本，身为皇帝如此的不讲诚信，戏弄群臣如何能行？于是，他们联名奏请皇帝收回这一朱批，并希望他亲口许诺的明春立储一事能付诸实现。朝臣们已经和皇帝标上了，不达目的决不罢休。正在病中的申时行，内阁大学士的联名呈请，由二辅许国执笔，但这份奏章仍然由申时行领衔。这场抗议声势浩大，规模空前，让皇帝极为的震怒，也胆战心惊，弄得坐卧不宁，寝食难安。软骨头的申时行在此时向皇帝妥协，申时行获知皇帝的反应后，立即呈上一份揭帖，背叛了朝廷的大臣，向皇帝说明内阁的联名奏章虽然列上他的名字，他事先却并未与闻，是他们加上的。被孤立的皇帝犹如捞到一颗稻草，立刻有了精神，在朱批中感谢申先生对他的忠爱之忱，对他大加表彰。
“成也萧何败萧何”。不知道皇帝是一种什么心态，是故意还是一时疏忽，总之，可爱的皇帝办了一件让申时行极为难看的事情。因为大学士的揭帖系秘密文书，御览以后向例是退回本人而不公布。事由凑巧，那天申时行不在内阁，太监往内阁送公文时，竟然把申时行的折子给了次辅许国，许国这个人也不地道，他一向与申时行不合，平时就处心积虑的相差申时行的台，拿到这个文书，竟然把他当成公文拆开并阅读了全文，然后，他就毫不客气地送交给事中办公室抄录公布。等到申时行发现立刻向给事中索回原件时，其内容已经在文官中传遍，已经晚了，声讨申时行的声音已经如雷贯耳了，申时行成了出卖朋友的小人，是一个十足的两面派。于是大臣们纷纷上书弹劾申时行，已为皇帝修建陵寝失误为依据，要求皇帝对申时行严加惩处。以后，事态不断的扩大，这回，万历皇帝把忠心耿耿的首辅坑苦了。
万历皇帝懒散惯了，对任何事情都懒得考虑，事情都到了这一步，仍然没有当回事。他只是当成一件普通的弹劾案来处理，按照规定降旨这个给事中降级调往外省处理，并命令申时行照常供职，不准辞职。心里很苦的申时行没有办法，他永远没有这个胆量不听皇帝的话，便决定遵旨回到内阁办事，然而让申时行也没想到的是在，在许国的挑唆之下，文官们的情绪如火如荼，不可遏止，成燎原之势，一个接着一个递上了参劾申时行的本章，大有非撵走申时行之势。申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同僚的信任。现在的局势明明白白的，申时行除了辞职以外，别无他途可供选择。
此时，许国的野心已暴露无疑，他和申时行两人又演绎了一场张居正对高拱的好戏，他表面上似乎与申时行同心协力，内心里对申时行的嫉忌无比，他故意公开申时行的秘密揭帖公布于众，暗地里捅刀子使绊子，已达到自己不可告人的目的。可惜，他没有张居正的哪个好命，不没几天，次辅许国也被人参劾，愤怒的皇帝批准他“回籍调养”，对他一点也不挽留，让他丢尽面子。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈，准许申时行辞职了。
在这一场旷日持久的悲剧性的冲突中，没有胜利者，斗争的双方都付出了惨重的代价。“国本之争”是历时十余年，惹起了许多的风波，使申时行等好几个大学时相继离职，黯然离去。朝臣们更是被打得遍体鳞伤，体无完肤，被罢黔，被处罚的官员不记其数，文官集团受到很大的伤害。朝臣们有时激烈，有时暂时平静，但是都小心翼翼，讲究策略害怕一时意气把事情弄僵反而不可收拾。万历也深受其害，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，他如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，而且流血之后也未必就能如愿以偿。他成了一个孤家寡人，始终得不到官员们的谅解，无法和官员们达成共识，只好躲进深宫不在过问世事，这也是没办法的办法，因为只有这样皇帝和官员不见面才不会发生冲突。万历皇帝本身也不愿意动不动就处罚官员，于是，这样双方就形成了暂时的僵持局面。
万历皇帝性格懦弱，遇事没有主见，郑贵妃到底是个女流之辈，爱子心切，她没有武则天的雄韬伟略，在处理立储这个问题上，万历拿不出好的主意，郑贵妃也没有很好的参谋参谋，致使万历皇帝在这个问题上犯了很多错误，一错再错，越弄越僵。他的第一步是册封郑氏为皇贵妃，位于皇后之下而在其他妃嫔之上，在这个问题虽然有人提出异议但是没有引起多大的纷争。既然皇子的母亲被封为皇贵妃，皇后又没有子嗣，子以母贵，常洵超越常洛而立为皇储就可以顺理成章，理所当然，如果万历皇帝一再坚持这个观点，众臣就是有意见也起不了多的作用。
万历皇帝的软弱和愚昧还表现在，申时行等群臣要求册封朱常落为太子时表现的十分犹豫，像个小偷，做事一点也不理直气壮，先是无情的折磨朱常落又说这个事是皇家的私事，外臣不得干涉。后来又借口王皇后还有生育能力，不应过早册立太子，凡此种种，既显得皇帝没有一点魄力，又让世人产生一种皇帝不讲信用的感觉，反倒把事情弄得越来越复杂了。
常洛并不天生即具有继承大统的权利，他的几个弟弟也同样没有这种权利。在没被皇帝册封以前统统没有名义。立长而不立幼，只是传统的习惯而不是法律，并非一定要这样办。明朝的许多皇帝并不一定就是长子，照样越过前边的皇子当了皇帝，这种事在历朝历代更是数不胜数明朝也屡见不鲜。太祖洪武皇帝的规定，嫡子有继承皇位的优先权，可见皇子的地位决定于其母亲的地位，而出生年月乃属次要。常洛之母为恭妃，常洵之母则为皇贵妃，子以母贵的原则在祖训前仍然大可商酌，所以万历皇帝要是有一定的魄力，坚持按自己的意见办臣子们也毫无办法。