奥拉朱旺的日渐老迈，让火箭队不得不进入痛苦的重建期，1998-1999赛季，火箭季后赛1:3不敌洛杉矶湖人，被淘汰出局，火箭老“三叉戟”中只有巴克利发挥出了稳定的价值，斯科特-皮蓬打出无比低效的一轮系列赛，五场比赛场均18.3分投篮命中率是惨不忍睹的32.9%，三分球命中率是27.3%！这三分球命中率低到什么程度？就连场均出手1.8次三分球的查尔斯-巴克利的命中率都要比皮蓬高！最重要的是皮蓬和巴克利天生八字不合，两个人甚至曾经在大巴几近动手！赛季结束，火箭队马不停蹄地把皮蓬换到了波特兰开拓者队，换来了一帮不错的角色球员，此时距离巴克利试图降薪拉拢皮蓬加盟不过过去了九个月的时间而已……
这些由皮蓬换回来的筹码中有些人还是不错的，其中就有顶上首发小前锋位置的山顿-安德森和两年后坐稳球队首发中锋的凯文-卡托，当然，现在在教练组混的风生水起的布莱恩-肖，当年也是这比交易的参与人之一，他从开拓者被交易到了火箭，但是他还没来得及穿上火箭的球衣，又被交易到了洛杉矶湖人。
1999年的NBA选秀大会上，温哥华灰熊在首轮第二号顺位选择了来自马里兰大学的史蒂夫-弗朗西斯，但是后者明切表示，自己不会为灰熊打一场比赛，正当两方僵持不下之时，火箭总经理卡罗尔-道森瞅准时机，果断出手，用上赛季表现不错的迪克森和未来的一个首轮选秀权把弗朗西斯带到了休斯顿。
这NBA联盟历史上第一次由一个一场比赛还没打的新秀逼迫球队管理层交易自己的案例，所以在弗朗西斯进入联盟之初，他就得到了一个非常霸气的绰号，“Franchise（特权）”。
新秀赛季，弗朗西斯用他出色的表现证明了火箭管理层是做出了一件多么明智的决定，新赛季他场均能够贡献18.0分5.3个篮板球和6.6次助攻，投篮命中率44.5%，三分球命中率34.5%，弗朗西斯身材不高，官方注册191公分，但是实际上可能也就是188公分，他打球有很浓郁的街球风格，运球低而快，身体素质劲爆，在比赛中失常能够隔着对方的大个子暴扣，中投精准，疾速运球后的急停跳投乃是杀招，在比赛中无往而不利。
二年级新秀卡迪诺-莫布里持续成长，他因为他名字前三个字母“CUT”而得到了一个颇具戏谑味道的绰号——“老猫”，新赛季“老猫”仍是作为替补出场，他场均能够得到15.8分时NBA所有球队里替补席得分最多的球员，但是因为火箭队糟糕的战绩，最终莫布里在年度最佳第六人的评选中屈居第二，无缘奖杯。
这个赛季火箭只取得了34场胜利，赛季结束以后，大伤了四个月的查尔斯-巴克利宣布退役，一代枭雄从此封剑挂靴，退隐江湖。
2000-2001赛季，弗朗西斯与晋升首发的莫布里双双砍下19+，从快船队投奔而来的莫里斯-泰勒表现不俗，最终火箭这个赛季的战绩定格在45胜37负，乐透区冠军。这个赛季弗朗西斯入选了全明星的扣篮大赛，而这一届的扣篮大赛则是被全世界球迷所公认的成色最足的一次扣篮大赛，弗朗西斯凭借着劲爆的身体素质一路杀到决赛，最终惜败于有着“人类UFO”之称的文斯-卡特,后者在扣篮上造诣无需赘言，弗朗西斯虽败犹荣。
2001年的选秀大会上，火箭在首轮第十三顺位选择了身体素质劲爆的理查德-杰弗森，首轮第十八顺位选择了内线防守大将贾森-柯林斯，首轮第23顺位则是挑选了布兰登-阿姆斯特朗但是三名年轻人均不在火箭未来的计划之内，选秀还未结束，火箭便于新泽西篮网打成交易，三名新秀还篮网首轮第七顺位的那名新秀，埃迪-格里芬。
埃迪-格里芬在高中的时候就名动全美，大一的时候被美国权威杂志《体育新闻》评选为全美最佳新生，并且被众多专家预测是选秀状元的热门人选，但是随后，格里芬因为一些杂七杂八的事情让人们改变的对他的看法，吸毒，酗酒，与队友斗殴，超速行驶，这些场外麻烦让在选秀大会上等待着选择自己心仪球员的各队经理们分分钟止步，最终，格里芬掉到了第七顺位，并且被火箭下了大力气交易了过来。
事实上从火箭队发展的轨迹来看，当时他们更加需要一名合格甚至优秀的内线球员，凯文-卡托在遇见奥尼尔，邓肯这样的明星内线的时候根本就无还手之力，但是火箭垂涎语格里芬的天赋，在2000年选秀大会上错过乔尔-普尔兹比拉，贾马尔-马格洛伊尔之后，又在2001年的选秀大会上错过了扎克-兰多夫，布兰登-海伍德和阿谬尔-戴勒姆波特，这最终让火箭付出了代价。
初入火箭队的格里芬便暴露出性格上的缺陷，他性格孤僻，比较难接触，火箭队更衣室氛围比较紧张，因为火箭已经拥有了弗朗西斯和莫布里，新赛季的格里芬主要是以替补出战，场均26分钟，能够得到8.8分和5.7个篮板球。
这个赛季弗朗西斯和莫布里双双21+，但是球队战绩却只有28胜54负，本来是一颗正在快速崛起中的队伍突然沦落，这让有些人猜测是不是火箭要复制1996年的马刺，他们在那一年疯狂地摆烂，然后博得了状元签，并且选中了邓肯，这一年阵容还算是不错的火箭不知道是存在于何种原因，反正其结果就是最终他们达成了他们的希望。火箭队的抽签代表史蒂夫-弗朗西斯以0.5%的超低概率抽到了状元签，最终2002年NBA选秀大会上，火箭用这个签位挑选了姚明。
姚明成为了NBA历史上第一位非美国国籍的状元秀，这是一份荣誉，更是参杂了很多的好奇和误解，美国人看中国，就像中国人看美国一样不透明，所有人都不知道这个个子奇高的中国人究竟是何等水平，中国篮球究竟是何等水平。当有人提及姚明在中国国内联赛的最后一场比赛21投21中轰下49分抢下21个篮板球送出7次封盖的时候，每个人的嘴巴都张大成了“O”型。
2002年10月31日，姚明迎来了NBA的处子秀，中国巨人正式亮相NBA赛场，全场比赛他打了十一分钟，一次投篮没有命中，只抢到了2个后场篮板球，助攻一次，封盖一次犯规三次，表现十分不堪。
赛后，姚明一脸的沮丧，自己想象中的NBA和现实中的NBA根本就是两个世界，这是第一个走过来安慰姚明的就是球队老大，弗朗西斯，他用了一句很爷们的话对姚明说道，
“你身后那么多人看着你呢，是男人，就打好下一场！”
这句话被年轻的姚明牢牢地记在心里。
姚明前六场比赛得分别是0分，2分，8分，0分，3分和7分，作为一个令世人瞩目的状元，这样的表现显然是不及格的，一时之间，仅仅凭着这几场比赛，便有人武断地把“史上最水状元”的头衔扣在了姚明的头上，姚明身上承受的压力可想而知。
第一个跳出来质疑姚明的人，便是曾经效力过火箭的明星球员查尔斯-巴克利，此时已经退役的巴克利的身份是美国王牌体育节目TNT的解说员，搭档是火箭队名宿肯尼-史密斯，查尔斯巴克利这个人长着一张有名的损嘴，他的至理名言是“只要我的嘴能说话，其他的腰疼，腿疼腚疼都不是事儿！”补充一下，巴克利的打球风格就是在三秒区外，撅着屁股强攻到三秒区内，所以他的屁股经常受伤。
姚明初入联盟的那会，知礼仪的姚明对巴克利也是非常尊敬，自称最喜欢的三名球星就是奥拉朱旺，萨博尼斯和查尔斯-巴克利，但是后者完全不给姚明面子，2002年11月15日，火箭客场挑战太阳，这场球是TNT转播，赛前巴克利扬言，如果姚明在职业生涯任意一场比赛得分超过19分，自己就亲肯尼-史密斯的屁股，比赛赛前的新闻发布会上，马上就有记者把这件事告诉了姚明，姚明笑着说道，
“那我就天天拿18分。”一句话，把台下的记者都逗乐了，场均18分，既不会让巴克利难堪，又不能让人小觑。
虽然姚明用自己的机警睿智巧妙的滑稽了这一次尴尬的采访，但是姚明毕竟是血气方刚的年轻人，被人看不起，心中自然不服。
火箭队和太阳队的比赛进行到第三节，姚明和弗朗西斯交叉防守，马布里一个大幅度的交叉运球骗过了姚明的中心，姚明心急想跟上马布里的脚步，结果左脚绊倒了右脚一屁股摔在了地上，太阳队的替补席都笑作一团，尤其是姚明的同级新秀，被媒体赋予姚明一生之敌的阿玛雷-斯塔德迈尔，坐在TNT演播厅中的巴克利自然也是乐不开支，笑得合不拢嘴，那感觉，就像现在奥尼尔天天损大麦基似的。那场比赛姚明其实打的不错，上场14分钟，6投5中得到10分，而斯塔德迈尔则是上场20分钟4投1中只有5分，所有人只记得这场比赛姚明被马布里晃倒时的窘相，没有人记得姚明暗暗地为自己增加实力，更加刻苦的训练。
2002年11月17日，休斯顿客场挑战洛杉矶湖人，彼时，湖人坐拥联盟第一中锋，素有“大鲨鱼”之称的沙奎尔-奥尼尔，这个赛季奥尼尔在内线无人可挡，场均27.5分11.1个篮板球，姚鲨对决第一次成为NBA的看点，但是直到赛前，湖人宣布奥尼尔因为脚趾受伤，不打了，大前锋萨马基-沃克顶替奥尼尔出场，姚明面对身高仅仅206公分临时被凑上来打首发的沃克，那是好一顿揍，前三节姚明便是五投五中，关键的第四节，时任火箭主教练的汤姆贾诺维奇让表现出色的姚明取代卡托站在场上，事实证明，汤帅的这次决定无比明智，这场比赛科比打的极为癫狂，全场轰下46分，但是最终还是火箭赢了，比赛斗至关键时刻，姚明连续两次2+1打成带走了比赛的胜利，姚明全场出场24分钟9投9中轰下20分，赛后，姚明挥舞着拳头，把胸中的怒气，怨气一股脑儿的全发泄了出来，也就是从这场比赛开始，姚明完全取得了汤帅的信任。
而巴克利不得不再次为自己的大嘴巴埋单，因为肯尼不愿意亿万观众面前宽衣解带，于是事前花了500美元从亚特兰大农场租过来一头驴，原来英文单词“ASS”有屁股的意思，也有驴的意思，肯尼-史密斯还把小驴的脖子上挂着一块牌，上面写着肯尼两个字。
经过TNT的这次炒作，姚明的名声大振，而他也在两场比赛过后取代了卡尼，成为了球队的主力中锋。
姚明的第一个NBA赛季场均13.5分，8.2个篮板球1.7次助攻1.8次封盖投篮命中率是49.8%，表现尚可，但是最终的最佳新秀的奖杯，却是被跟随球队杀进季后赛的斯塔德迈尔拿走，后者的数据则是场均13.5分8.8篮板球投篮命中率是47.2%。而火箭队的战绩是43胜39负，是联盟里所有没有进入季后赛的球队里最高的胜率。
值得一提的是，在姚明的新秀赛季的全明星投票上，姚明被13亿中国球迷投进了全明星，挤掉奥尼尔成为了西部球队首发中锋，强大的中国力量第一次在NBA赛场上爆发，诚然，当时的姚明还没有全明星的实力，但是他还是洒洒脱脱地去了，面对众多的NBA超级明星，姚明没有丝毫的怯懦，比赛之中与众多明星谈笑风生，这一经历让姚明看到了自己的差距，他心里暗下决心，总有一天，自己会凭借着自己的实力进入全明星！