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无论是北洋集团还是人民党根据地，双方的高层都已经根据自己的经验和能力认清了现在的局势，确立了近期的军事斗争方向。而慈禧却没有这样的准备。她本来就不懂军事，加现在党争，袁世凯递自辩奏折前，按理是不能主持朝廷差事的。慈禧立刻就连续几天召见张之洞。她急切想找一个超然于这两派之外的第三者来商议，张之洞无疑是很合适的人选。
开缺瞿鸿禨时，慈禧本想把奕劻也一并开去，慈禧召孙家鼐、世续、鹿传霖等人密议奕劻的进退问题，孙等提出，骤去奕劻“无人接手，于事无益”。19曰，慈禧命醇亲王载沣入军机处学习行走，意图扶植载沣来抗衡以至取代奕劻。见此情势，奕劻只好以退为进，提出辞职，进行试探要挟。慈禧考虑到载沣初入军机，年青缺乏经验，一下子还不能把军机处的全盘工作拿起，瞿鸿禨已去，如奕劻再遵行引退，中枢机构很可能出现混乱乃至瘫痪的局面，当即降旨加以慰留，这实在是慈禧不得已的权宜之计。除载沣外，慈禧还重用世续、载泽、善耆等亲贵。肃亲王善耆、镇国公载泽分别就任民政部和度支部尚。一般史将晚清重用亲贵掌国的局面形成归诸载沣，不太公平。其实，丁未后期，慈禧业已开始实行这一转变。
瞿鸿禨罢职后，军机处更形空缺，北洋想乘机把杨士琦塞进，奕劻为此特向慈禧推荐。而慈禧想援引孙家鼐入枢，孙却自感“老病不胜重任”。不过，孙直言不讳地告诉慈禧，“士琦小有才，姓实巧诈，与臣同乡，臣知之最捻。盖古所谓饥则依人，饱则远飏者也”。反对用杨，推荐了老臣势力中的另一重要人物鹿传霖。鹿传霖由此再入枢廷。不仅如此，慈禧还实行扬张抑袁并分袁势的策略，授张之洞为协办大学士，又授为体仁阁大学士，袁世凯的自辩奏折递之后没多久，慈禧批示“知道了”，随即同时任命张之洞、袁世凯为军机大臣。军机处形成新的组合，北洋一翼，有奕劻、袁世凯两人，反北洋一翼，有载沣、张之洞、鹿传霖三人，世续为骑墙派。北洋派在权力中枢机构内并不占有优势。
与这些内部消息一起传到根据地的，就是黎元洪开始出兵的消息。