明军血战碧蹄馆，朝鲜君臣遭威压
时小早川的两万大军已全数赶至战场，但受地形和前部混战的影响，一时间极难展开。小早川隆景亲临一线鼓舞士气，李如梅于两军大战之中远远望见敌本阵一人疑似主将便立刻张弓向那人射去，小早川隆景惊吓之下连忙带马闪避，战马中箭将小早川隆景掀翻在地，众将急救。战事激烈，立花宗茂铠甲之上箭如猬毛，立花军退至西面小丸山休整，小早川秀包接替奋战掩护，明军被逼退，大小将领也阵亡近半，两边各自停战。
李如松召集剩余部下合议道：“倭寇众多，我军若深陷重围，突围不易，敌寇很快又将发动进攻，必须趁完全被合围之前占据缺口向北战退等待援军相救。”查大受立誓：“末将愿誓死护卫大人杀出重围，请令末将开路。”祖承训也愿殿后阻击。李如松示意安静：“杨元、李如柏在赶来之前谁也不能战死，辽东精锐已经损失太多，各守本职万不可乱阵，先破敌锋芒再向北退却，一切听我号令。”众将领命。
此时黑田长政、石田三成、增田长盛、大谷吉继已先赶到，所领一万兵力正陆续跟进。日军召开了紧急会议，石田三成认为：“地形狭窄，不利大战，明军新到增援士气大增，竟与立花队僵持不下，面对逐步合围也难落下风，依我之见不如暂且撤退避其锋芒，另择战场。”对此增田长盛、大谷吉继、黑田长政也表示赞同。
小早川隆景断然拒绝：“明军孤军深入被我合围，主将李如松命在旦夕，明军虽然悍勇，我军又受地形牵绊，但正是决胜之时，此时紧急撤军必会造成我军混乱不堪，明军若是追击，我军进退不能将会惨败，数万军力不能战胜几千之兵令人耻笑！今日之战我军必全力向前，斩下李如松首级！冠以武士之名者尽可随我出阵杀敌！”众将感奋皆愿一战！于是小早川隆景令小早川秀包、毛利元康、筑紫广门率五千人从东侧山上包抄明军左翼，令立花宗茂从西侧山上包抄明军右翼，小早川隆景亲领主攻，吉川广家、黑田军、石田军居后待命。
巳时六刻小早川令麾下大将栗屋景雄、井上景贞各领三千向明军逼近，待日军发起冲锋之时栗屋景雄所部便遭明军火器、神机箭及弓弩打击，队形大乱，明军骑兵跃阵尽出，栗屋景雄奋战不退但所部以渐渐不支，井上景贞正欲支援，小早川家臣佐世正胜劝道：“栗屋队很快便会后退，此时向前救援不如退至坡上，待敌军追击栗屋队之时我军再猛冲侧翼定能获胜。”景贞依计而行。栗屋队败退明军步骑追击，井上立刻率队呼喊杀出，栗屋景雄也回身反击，两方混战一团。
而大谷吉继也自领本队赶来增援，大谷吉继身先士卒指挥突击，其近臣劝谏：“此处弹丸横飞，极为危险，若被击中难保性命，请大人在后阵指挥！”大谷吉继说道：“生死有命，如果终结我性命的箭矢不在今日，即便箭如雨下又有何所惧。”随后大谷吉继便继续率领本队突进。
明军火器已几乎弹药耗尽，除李如松亲兵手持三眼铳之外，明军多数仅携带有神机箭和随身配刀，砺石岘至碧蹄馆之间都是河流溪谷，崎岖狭窄，部分地区散布水田加上昨日天降大雨，冰雪初解，道路泥泞不堪，骑兵优势难以有效发挥。双方激战明军苦战不敌，李如松下令向北转移阵地重组战线待援。
接近午时明军伤亡惨重，四千兵马已伤亡过半，亲军将官也所剩无几，但明军依然在全力拼杀，日军已完成对李如松的三面合围同时发起总攻，日军漫山遍野，四下无处突围，明军已经十分疲惫，在日军铁炮队逐渐列阵之下李如松心急如焚，惊恐愤恨。深感恐将命丧此地。立花宗茂也多负刀伤见状高喊李如松将死，鼓舞士气再度进击。石田三成及黑田长政也向小早川请令全军出击。正在千钧一发之际杨元率本部一千精骑及援军四千赶到救援，从北面迅速投入战场对日军发起了猛烈冲锋，日军猝不及防急忙试图调转枪口重装射击，突遭明军箭雨来袭，队列大乱，明军精骑各持三眼铳狂飙突进虽遭火绳枪射击，仍很快突入了日军阵中，明军气势如虹，日军士气大乱，从而打开了李如松所部生路，李如柏领后队正在跟进，李如松顿时大喜立刻整军反击与杨元会合。
吴惟忠亦率部从山间小道突袭而至，直冲小早川隆景本阵而去，黑田长政见状立刻命自己所部前往阻拦，一时间难分胜负。吴惟忠令将虎蹲炮全数射向日军本阵逼敌回撤，日军本阵动摇，小早川隆景大喝一声，问及谁人可退吴惟忠？吉川广家应声而出，率部出动支援黑田队。吴惟忠及所部明军全力拼杀，与杨元及李如柏一道为李如松撤离争取时间。与此同时明朝援军亦源源不断投入战场，碧蹄馆一带形势愈发严峻。
小早川隆景望见明军大部增援，心生失落，而且立花队几乎快要损失殆尽，第六队伤亡惨重，小早川隆景意图撤军，石田和黑田二人不理解为何撤军？小早川隆景说道：“未曾想明军战力竟如此之强，难怪小西的第一队会遭致惨败。如今明军又增援数千，形势已变，战机已失。如此看来定是与我们一样，后有大部跟进，此地不利于两军主力大战，继续在此胶着并非明智之举。另外此战已经牵动太多兵力，京畿道内连有战事，此时还不是我们与明军全面决战的时刻，我们已经完成了阻击明军的任务，此后短期内汉阳安危应当无忧。”在小早川隆景军令下，后队变前队，开始有序批次撤出，逐批返回汉阳。李如松见日军撤走也得以脱离险境，明军返回坡州休整准备撤回临津江以北。
正当李如松准备动身时，柳成龙赶来劝阻。李如松说道：“原以为是敌小股伏击，结果是敌主力倾巢出动，我所望见光先锋队便已多达两万之众。估计敌总兵力不下二十万。”柳成龙惊讶二十万之数从何而来？李如松建议未免敌主力追至请柳成龙与他一起速速离开此地，但朝鲜探马来报倭寇已不再追击，全数返回汉阳。柳成龙再请李如松重整军备，调集援军，攻向汉阳，李如松坚称返回开城休整，柳成龙、金命元、李镒等阻拦不放，两边一时间发生冲突，拳脚相向。明军全军后撤。
朝鲜朝廷因此展开讨论，郑澈奏道：“胜败乃兵家常事，提督李如松此次战于碧蹄馆，虽未能进取汉阳但也称不上战败。只是李镒将军阻拦明军后撤时却被以抗命不遵为由惨遭施暴。”伊斗寿进言道：“在王京每日都有百姓被倭寇屠杀，明军居然还视我朝鲜的将军如奴隶牲畜随意殴打，真不知究竟是援军还是敌军。”
兵曹判书李恒福也进言道：“即便明军拥有朝鲜的指挥权也决不可肆意凌辱朝鲜官兵，必须严惩明军直到获得承诺，再将朝鲜军独立军权为止。”李德馨奏道：“殿下，若不追究此事，朝鲜将成为明朝笑柄，朝鲜将士和天下百姓也将极为寒心。”
平安道观察使李元翼也奏道：“现在军营中已经沸沸扬扬，与明军冲突一触即发。另有人说若是分朝尚在绝不会视而不见。”郑琢也说道：“既然群臣意见一致，便请宋经略前来追问其责多加叮嘱。”金应南等群臣一致请求李昖振奋朝鲜，惩治明军犯官。李昖准奏。并立刻安排召宋应昌相见。
李昖说道：“胜败乃兵家常事，只需重整军备再战即可，朝鲜虽是受明军援助，也不可如此藐视一国将领，肆意欺辱成何体统！这便如同在藐视寡人和朝廷。皇上在命令出兵之时不会也命令到该如此对待朝鲜吧。”
宋应昌答道：“殿下，外臣只听闻李如松遭受敌重兵伏击北撤，却还不知有如此惨淡之事，真是万分惶恐，外臣会立刻派人严惩李如松及涉案将官，绝不会再发生此类事件。请求殿下原谅。”
李昖嘴角微笑：“既然经略如此说，寡人又怎么会再去计较呢。请坐，只是寡人还有一个请求，如今战势良好，各地汇聚而来的朝鲜士卒渐渐增多，所以寡人想将朝鲜军从明军的指挥中独立。如此一来冲突事件也就不会发生，朝鲜军也将在今后与倭寇的战斗中更加士气高昂。”
宋应昌见李昖得寸进尺，饮茶一口之后起身说道：“多谢殿下赐茶，朝鲜军在独立之后定会战力倍增，必将击溃倭寇。既如此外臣便可以立刻带领援军回京复命。外臣会向皇上陈奏，朝鲜必能坚持到底，将倭寇全部歼灭。”
听到此言朝鲜君臣无不惊愕，李昖急忙挽留，表示单靠朝鲜自身难以收复国土，宋应昌奇怪问道：“方才殿下还说只要朝鲜军能独立出来便会更利于战斗，既然我明军是朝鲜的绊脚石倒不如早早回去。”
李昖连连否认，宋应昌轻轻一笑说道：“殿下，若是可行之建议外臣都会接受，但此事实在荒谬，朝鲜大臣对受到明朝指挥一事抱怨不平，外臣也早有了解。乃是所谓的自尊心受挫，急于找回颜面而已。并非是我明军仗势欺人要将朝鲜纳入指挥之下，而是将指挥系统有效统一乃是战场决胜之要素之一，更何况朝鲜军并未具备区域独立作战取胜的能力却强要享受同等待遇？如果真是如此，一开始就不应向大明请求救援。如果殿下希望朝鲜军独立作战，就请向我展示朝鲜的力量。”随后宋应昌扬长而去，朝鲜君臣无言以对。
事后李如松向宋应昌请罪，宋应昌指责道：“孤军深入，轻犯敌锋，几致不测，大将若死，皇威大损！数万将士都将被你牵连治罪，如何歼灭敌寇以复皇命？你父李成梁用兵有方，擅制敌军略，你却如此鲁莽冒进，好生反躬自省，不可再有此冒失行动。”
李如松领命。宋应昌又说道：“但此战也并非一无是处，北军勇猛以令敌寇胆寒，也是在你治下才能有如此战力，换做平常军旅早已伏地请降。以寡敌众，面对十倍之敌依然能顽强待援，我自会为你请功。”李如松拜谢。
而南军官兵也借此机会对北军冷嘲热讽，发泄对报功的不满。南将王必迪公开质问李如松道：“抛弃大军仅率先锋出击，陷入重围，主将若有长短，全军必士挫而退，主将罪当严惩！”其余南军将领如骆尚志、吴惟忠等人纷纷指责，李如松不加理会，径自离开，祖承训、查大受等北军将领指责南军目无上官，南北军将领不欢而散。
不仅将官之间，几日来南北军士兵也争吵不休，彼此讥讽辱骂，终成两方大规模斗殴，明军大营一时大乱，宋应昌及时出面令人鸣炮制止，令亲兵抓捕南北军士兵领头闹事者就地斩首，公开训示并颁行奖赏安抚大军。
经过碧蹄馆一战，李如松亲军死伤极多，不少亲信猛将都战死沙场，自家精锐受到重创，自己也险些丧命。南北军矛盾重重，互不相容，还有上官压制，李如松战意陷入消沉。一路后撤至平壤。
此时沈惟敬向朝鲜王李昖提出等到时机成熟再与日军议和，伊斗寿怒道：“沈将军你就是是何居心，又想像上次一样休战么？我们朝鲜绝不会同意！”沈惟敬答道：“上次休战有何不妥么？最终为明军的到来赢得了时间，因此才得以收复平壤。”
郑澈问此次又是何计？沈惟敬答道：“我会令倭寇从王京撤回本国，如若答应便可放其生路，自然这不过是蒙骗倭寇之语，只要敌离开平壤便立刻将其聚歼，收复朝鲜全境。”李昖欣喜。
伊斗寿提出疑问道：“倭寇自上次受骗之后还会信你所言么？还是放弃口舌之利直接进攻为好。”沈惟敬坚称进攻之前也必须先作会谈，郑澈请允许朝鲜大臣一起参加，否则将视为有出卖朝鲜勾当。沈惟敬怒道：“朝鲜的大臣们总是怀疑我和我军，既然如此为何要请大明救援？既然大明介入，那么这场战争已不止是朝鲜的战争，上国代表出席理所当然，藩属之国为何总要插手干预？”
伊斗寿也怒道：“战争主体为朝鲜！插手干预才是大明所为！”李昖制止争吵：“上次沈将军孤身独闯敌营才使计策成功，得到明军援救。寡人愿意相信沈将军。但唯有一点请谨记在心，倭寇毁我先王陵墓，屠戮山河，绝不可与倭寇议和。另外请确认被俘王子临海君、顺和君安危，将其带回。”沈惟敬拜谢。
后沈惟敬在筹措准备，思考何时可去谈判，柳成龙来见问道：“听闻您准备择机去令倭寇撤军并带回王子，请问何时动身呢？”沈惟敬答道：“日期难定，得与宋经略相商看何时方为时机。”柳成龙叮嘱道：“大人不会还是去议和吧，希望大人能遵守承诺，只谈令其退军及带回王子之事，如若议和我定会追究到底。”
沈惟敬笑道：“本使明白，只是柳大人怎么见了王命旗牌不叩头行礼呢？”柳成龙不肯，言道：“若是诛杀敌寇所用，我必当行礼，此时恕我不能答应。”沈惟敬怒道：“柳成龙，你是急于求死不成？见王命旗牌而拒不行礼乃是大罪，万死莫赎。”
隔日祖承训奉李如松之命捉拿柳成龙问不敬王命旗牌之罪，柳成龙被抓至宋应昌及李如松的面前，宋应昌说道：“王命旗牌如同皇上亲临发号施令，即便夷狄见到也会下跪行礼，你却抗拒此事，究竟为何？”柳成龙答道：“大人，我怎会不知恭敬令牌，但我又怎能对包含着不许跟仇敌作战的令牌下跪呢？”
宋应昌点头赞许道：“果然非同凡响，我再给你一次机会，请跪拜吧，我可既往不咎。”见柳成龙默不作声，宋应昌便令李如松将柳成龙军法从事，杖责一百。李如松劝到杖责一百恐会无命，但见宋应昌回头凶光之下，李如松只得下令行刑。
正欲行刑之时光海君领郑琢、李德馨、李恒福等人赶到制止，宋应昌行礼问候：“不知世子邸下驾临有何贵干？”只见光海君领臣子立刻便向王命旗牌行三跪九叩大礼，请求宋应昌原谅柳成龙道：“罪不在柳成龙，是我下令柳成龙不得与敌寇议和之物发生关系，请谅解。”宋应昌答道：“即使这样那就请世子邸下向都体察使重新下令跪拜即可。”
光海君只得请柳成龙遵守礼节，同僚也都纷纷劝告，柳成龙无奈亦感于世子及同僚苦劝，便对王命旗牌行三跪九叩，涕泪横流三呼皇上万岁。
事后李昖问光海君为何如此？光海答为救柳成龙，李昖说道：“寡人是在问你给王命旗牌下跪是以为寡人不知这种方法才视而不见么？总归都是被蔑视，若臣子代寡人受屈有情可原，世子出面与王被蔑视有何区别？不是说过你只需要活着即可，不需出面任何事，勿使朝鲜丢脸。百姓的血海深仇由寡人来报。”说罢离去。
碧蹄馆战后明军防线收缩到临津江以北，但汉阳周围仍有各路朝鲜武装势力，李薲领兵三千驻扎坡州，权栗领兵三千驻扎幸州，高彦伯、李时言领兵一千驻扎扬州山中，另有多路僧兵，义兵在京畿道各处徘徊游击。宇喜多秀家令加藤清正率军三千剿灭各路僧兵、义军。朝鲜各路闻报纷纷出兵救援，日军第五军福岛正则也率军出阵协助加藤清正。
二月初加藤清正部在汉阳以西搜寻到僧兵、义兵联军近两千人便立即展开进攻，日军铁炮队布阵连射，联军不敌，锅岛直茂领兵一千从后包抄断绝联军归路，步步紧逼，联军义无反顾反冲日军殊死一战，加藤清正求之不得下令全军出击，加藤清正亲手斩杀数十人，日军疯狂屠戮，联军全军覆没，无一生还。
其余几路朝鲜援军遭福岛正则领兵五千横扫各军，日军凭借数量及战力优势，各路朝鲜军皆败退回城，福岛正则身为践岳七本枪之首，战力更胜加藤清正，权栗、李薲等人都完全不能力敌，加藤军与福岛军巡防京畿会师，扫荡各路，汉阳周围稍显清净，但紧接着休静大师弟子惟政即率领两千僧兵汉阳东北十里处的水落山，同时另有一支六百僧兵攻陷二村驿，各地时而便有义军袭扰，加藤清正及福岛正则虽连战连胜却疲于奔命，宇喜多秀家为继续巩固京畿准备夺取幸州。